Спасо-Преображенский монастырь всегда был личным великокняжеским. Чудов и Вознесенский монастыри были обителями с представительскими функциями. Вознесенский монастырь служил усыпальницей великих княгинь, цариц, княжон и царевен до перевода столицы в Санкт-Петербург. Троицкий Богоявленский, бывший подворьем Троице-Сергиевой лавры, в то же время использовался для временного пребывания кандидатов на митрополичий и патриарший престолы и даже для приема депутаций москвичей и других россиян при избрании на царство Михаила Романова. Афанасьевский монастырь, ставший подворьем Кирилло-Белозерского монастыря, в частности, служил для пребывания иностранных церковных иерархов в ранге патриархов во время их приезда в Москву.
Абсолютно индивидуальными были объемно-пространственные решения кремлевских монастырей. В трех из них, Спасском, Чудовом и Вознесенском, соборный храм располагался традиционно – в центре монастырского двора. Но монашеские кельи Спасского монастыря занимали частично первый этаж великокняжеского дворца, а формы планов дворов и окружающих келейных и хозяйственных корпусов подчинялись исторически сложившейся застройке соседних территорий. В монастырях Богоявленском и Афанасьевском, ставших подворьями, центральные площади были свободны от застройки, а храмы вынесены на уровень их оград или даже за них.
Наиболее сложно оценивать художественные достоинства монастырских комплексов и составлявших их храмов и других сооружений по далеким от полноты чертежам, рисункам и гравюрам современников. Тем не менее можно утверждать, что здания монастырей Московского Кремля были построены на высоком профессиональном уровне, украшены высокохудожественными росписями, иконостасами и иконами, частично сохранившимися в музеях Москвы. Они являлись еще и выдающимися памятниками истории и культуры, исследование которых значительно расширяет и уточняет наши знания о далеких эпохах жизни Московского Кремля, Москвы, России, их правителях и простых людях. Как показывает опыт, эти исследования никогда не будут полностью завершенными, а знания – исчерпывающими.
Афанасьевский и Богоявленский монастыри на протяжении своей истории претерпевали различные изменения: сначала они стали подворьями других монастырей (Афанасьевский – подворьем Кирилло-Белозерского монастыря, Богоявленский – Троице-Сергиевого), затем постепенно вытеснялись кремлевским строительством и окончательно были упразднены к XVIII в. Чудов и Вознесенский монастыри вместе с примыкавшим к ним Малым Николаевским дворцом были уничтожены в 1928 г., а Спасо-Преображенский собор монастыря Спаса на Бору – 1 мая 1933 г.