Илл. 6.Собор Спаса Преображения на Бору. Продольный разрез. По чертежу А. А. Мартынова. Середина XIX в.
Илл. 7.Общий план Царского дворца в Московском Кремле. Начало XX в.
Возможно, тогда же была пристроена крытая галерея или притвор вдоль всего южного фасада как продолжение юго-восточного придела и одной с ним ширины. А. Л. Баталов допускает наличие этих пристроек уже у храма 1526/27 г. (6, с. 144). На всех планах Кремля, появившихся к концу XVI в., собор показан в его позднейших очертаниях: почти квадратным в плане, размерами 23 × 19 м в плане (без северного придела), с пристройками и с характерным выступом в северо-восточном углу на месте придела Трех Святителей. План собора в этом виде довольно подробно показан на обмерных чертежах середины XVIII в., включенных в план дворцового комплекса, выполненный архитекторами А. П. Евлашовым, К. И. Бланком, Д. В. Ухтомским и др. (45, с. 281, рис. 25, 26), и на «Общем плане царского дворца в Кремле в XVII в.» на чертеже А. Потапова (илл. 7) и серии его чертежей Кремля конца XIX – начала XX в., составленных «по старым планам и книгам с натуры» (47, таб. XIV–I, рис. 35).
После перевода монастыря на новое место и завершения строительства парадных кремлевских соборов – Успенского, Архангельского, Благовещенского – и возникновения малых «верховых» церквей в царском дворце, собор Спаса на Бору, заключенный внутри дворцовых стен, фактически превратился в XVII в. в приходскую церковь для духовных нужд дворцовых служащих – многочисленной группы служилых и рабочих людей: поваров, истопников, стряпчих, портных и т. п. со специфическим режимом работы, для которых специально служили особо раннюю службу. Тогда же окружавший собор двор получил название Сытного двора, так как находился вблизи Сытного дворца, располагавшегося под Теремами и Набережными и Приемными палатами древней княжеской резиденции (44, т. 1, с. 85). Собор был сильно обстроен малыми церквами: в 1635 г. в нем насчитывалось 11 приделов.
После перенесения столицы в Петербург эта функция в значительной степени утратилась, храм постепенно захирел, стал разрушаться, вокруг него нарос значительный культурный слой, и он оказался в ложбине. Но собор оставался в памяти людей святым местом, в какой-то мере началом Москвы, и его иногда поновляли и ремонтировали. При императрице Анне Иоанновне была восстановлена в 1737 г. сгоревшая крыша. Во всех вариантах проекта Большого Кремлевского дворца, разрабатывавшихся с 1767 г. В. И. Баженовым по заказу Екатерины II, Спасский собор сохраняется и органически вписывается в структуру юго-западного двора в качестве внутреннего композиционного центра, весьма близкого к геометрическому центру и расположенному на одной с ним широтной оси.