В начале ХХ в. из состава Улясутайского цзянзюньства ушла одна территория. В 1904 г. Кобдоский амбань получил распоряжение от Улясутайского цзянц-зюня выехать на Алтай и образовать там самостоятельный пограничный округ. Исследователи зафиксировали: «Алтайский Округ был в 1907 году (см. Указ от 7-го Января, в ответ на доклад Кобдоского Хэбэй-Амбаня Лянь Куй и его Помощника Си Хэн) выделен из Кобдоского, при чем в состав его вошли… 1) два Хошуна Новых Торгоутов, 2) один Хошун Новых Хошотов, 3) семь Хошунов Алтайских Урянхайцев, 4) Военно-Пахотные колонии у г. Булуньтохой и 5) часть Киргизов»>84. Алтайский округ с центром в Ша-ра-Сумэ был выведен из состава Внешней Монголии, власти Синьцзяна считали его составной частью провинции, но Пекин дал особый статус округу, хотя и предполагал его зависимость от Урумчи.
Из административных нововведений в начале ХХ в. можно отметить увеличение числа должностей. В частности, дополнительно к должности Кобдинского цаньцзань дачэнь добавилась должность Кобдинский баньши дачэнь. К началу 1911 г. должности Кобдинских цаньцзань и баньши дачэней занимали Пу Жунь и Чжун Жуй>85.
Осенью 1910 г. правительство созвало в Пекине Национальную ассамблею (Верховную совещательную палату – Цзычжэнюань) – своеобразный предпарламент, в котором было представлено население не всех «внешних территорий». По проекту 1909 г. избирательные права представлялись лишь «населению во Внутренней Монголии в тех местах, где уже существуют уездные управления, ограничив цензом в виде обязательного умения изъясняться по-китайски и обладания известной стоимостью и имуществом»>86. Тем не менее, в работе предпарламента в Пекине участвовали около дюжины представителей Внутренней и Внешней Монголии. Среди них были ургинский министр Пунцагцерен и князь Цецен-хановского аймака Дорчпалам.
В первые годы реформ были упразднены старые ведомства, а вместо них были созданы 10 министерств европейского образца. В 1906 г. вместо Биньбу (Военного министерства), было образовано Луцзюньбу (Министерство сухопутной армии), в 1907 г. был образован независимый от министерства Генеральный штаб. Все полевые войска вскоре были выведены из полного подчинения местным властям и подчинены напрямую Луцзюньбу, лишь местные войска, сюньфандун, остались в ведении губернаторов. Согласно программе военных реформ, к 1913 г. в Китае должно было быть создано 36 дивизий полевой армии (луцзюнь), вооруженных и обученных по западному образцу.