Конечно, церковь сохраняла бдительность к подобным «играм ума». Так, в 1277 г. парижский архиепископ Этьен Тампье наложил запрет на 13 тезисов аристотелистско-аверроистского толка, приписываемых Сигеру Брабантскому. Самое интересное, однако, то, что осуждая положения о вечности мира, о влиянии на земные дела законов небесных тел, Э. Тампье в то же время допускает (вопреки Аристотелю) множество миров, возможность движения всей совокупности небесных сфер. Это даже дало основание историку науки П. Дюгему назвать 1277 г. «датой рождения современной науки». К важнейшим результатам приводил пересмотр аристотелевского деления движений на естественные и насильственные (как противоречащего христианской теологии, где все – «от бога»). Тогда и механика рассматривалась не как «искусство перехитрить природу», но как наука, подобная физике. Это, в частности, позволяло оправдывать эксперименты.
Таким образом, в схоластической оболочке формировались идеи и методологические принципы уже естественнонаучного мышления. Важную роль в этом процессе сыграл и длившийся несколько веков спор между «номиналистами» и «реалистами». Имея опять же схоластическое происхождение (существуют ли общие понятия «реально», предшествуя самим вещам или же они не более чем «имена» вещей), этот спор в немалой степени способствовал совершенствованию понятийного аппарата, развитию логики. Своеобразной методологической нормой стала «бритва» номиналиста У. Оккама – «не умножать сущностей без необходимости»: не вводить новых понятий, не исчерпав существующих возможностей. Фактически то же требование повторил веками позже И. Ньютон, требовавший «не измышлять гипотез» без надобности.
Новые идеи не просто проскакивали сквозь свинцовую атмосферу схоластической догматики, но развивались в процессе эволюции самого религиозного мышления. Очень показательна, в этом смысле, эволюция проблемы теодицеи (греч. – «оправдание бога»). Не столько безбожники, но скорее истово верующие неизбежно задавались вопросом, как же всемогущий, всеблагой, всесправедливый Бог допускает существующее в мире зло? В раннем средневековье попытки ответить на этот вопрос были сугубо схоластическим. Так, Августин утверждал, что зло не субстанционально, не существует само по себе, а есть лишь отсутствие добра, так же как тьма есть лишь отсутствие света. По мере происходящих от Средневековья к Возрождению социокультурных изменений менялось и решение теодицеи, приняв форму пантеизма (греч. – обожествление природы): творец наделил мир внутренним движением (природа как «внутренний мастер») и природной необходимостью, законами природы, по отношению к которым понятия добра и зла лишены смысла (например, законы тяготения – добрые или злые?!). Еще позже пантеизм сменился деизмом, идеей «Великого часовщика», который, заведя механизм природы, вовсе отстраняется.