Основная цель [2, 7], которую преследовали авторы проекта БЭСМ-6 – создать быстродействующую серийную машину, сравнительно дешевую, удовлетворяющую наиболее важным современным требованиям с точки зрения автоматизации программирования и развития операционных систем, оснащенную имевшимися в то время в отечественном серийном производстве внешними запоминающими устройствами и устройствами ввода-вывода. Машина БЭСМ-6 предназначалась для решения крупных научно-технических задач, что, естественно, отразилось как на ее архитектуре, так и на выборе системы элементов и конструкции. Она не являлась копией какой-либо отечественной или зарубежной установки ни по системе команд, ни по внутренней структурной организации. При ее создании и проектировании был изучен и проанализирован опыт создания ЭВМ высокой производительности, накопленный к тому времени. В БЭСМ-6 были реализованы новые архитектурные и схемотехнические решения, многие из которых отразились в появившихся потом машинах третьего поколения.
Машины БЭСМ-6 составили стратегическую основу вычислительных средств большинства крупных вычислительных центров и оборонных предприятий страны. Сфера использования машины превзошла прогнозы ее разработчиков. Первоначально предполагалось, что небольшая серия БЭСМ-6 будет использована для решения крупных научных задач в нескольких научных институтах Советского Союза и ядерных центрах. Реально эта машина нашла значительно более широкое применение. На основе БЭСМ-6 были созданы центры коллективного пользования, центры управления в реальном масштабе времени, координационно-вычислительные центры, системы телеобработки и т. д. Машина БЭСМ-6 широко использовались в системах автоматизации проектирования, для моделирования сложнейших физических процессов и процессов управления, как инструментальная машина для разработки крупных программных продуктов оборонных систем и различных новых ЭВМ.
Важной особенностью машины явились аппаратные и программные средства для обеспечения мультипрограммного режима. К ним относятся виртуальная адресация памяти со страничной организацией, система прерывания и соответствующие программы операционной системы, наличие нескольких режимов выполнения команд в процессоре. Высокая скорость преобразования виртуальных адресов в физические обеспечивалась размещением таблицы их соответствия в регистровой памяти. Имелись аппаратные механизмы защиты памяти для команд и операндов. Все это обеспечивало возможность динамического распределения памяти в процессе вычислений средствами операционной системы.