В 1940-е гг. она возглавила и в течение 15 лет руководила НИИ художественного воспитания при АПН СССР. Основоположник системы музыкально-эстетического воспитания, начинающей функционировать с дошкольного детства и продолжающейся в школе и вне школы, В.Н. Шацкая одна из первых в России предложила комплексно использовать различные виды искусства в воспитании детей и юношества. Она рассматривала музыкальное воспитание как средство формирования нравственности учащихся и принципиально считала, что развитие музыкальных способностей и художественного вкуса зависит от целенаправленного педагогического руководства, активной профессиональной позиции педагога. Это все возможно только с учетом музыкальных вкусов и предпочтений ребенка, его музыкальных впечатлений. Ведущими принципами методики музыкального воспитания были: принцип вариативности путей воздействия музыки на ребенка (хоровое пение, игра на музыкальных инструментах, восприятие музыки, ритмика) и принцип продвижения в музыкальном воспитании от накопления музыкальных впечатлений к их осознанию. Опираясь на общедидактические принципы, она не рассматривала каждый из них в отдельности (систематичность, доступность, наглядность и т. д.), но постоянно подчеркивала их взаимосвязь, единую направленность на воспитание разносторонней личности.
Ученый В.А. Разумный подчеркивал, что Валентину Николаевну отличала удивительная способность находить и поддерживать действительно талантливых людей. Если она просила дать рецензию на труд какого-нибудь сотрудника руководимого ею Научно-исследовательского института художественного воспитания либо выступить в нем оппонентом на защите диссертации, то речь безусловно шла о поддержке перспективного в научном отношении человека. Он также отмечал, что Валентина Николаевна подвижнически выполняла долг педагога-просветителя и наследника идей такого выдающегося ученого, как Станислав Теофилович Шацкий.
Валентина Николаевна редко формулировала идеи в виде точных научных положений, но по своей сути они всегда научно обоснованы и практически проверены. В высказываниях она опиралась на многочисленные примеры своего педагогического опыта и опыта других прогрессивных педагогов-музыкантов. Убежденная в том, что художественный вкус можно воспитать только на самой лучшей музыке, В.Н. Шацкая чрезвычайно строго относилась к отбору музыкального репертуара и к самому качеству его исполнения. Она не принимала трактовок народных песен в не свойственной им эстрадной манере пения и особенно непримиримо относилась к той музыке, которая проникла в школьный быт еще в 20-е гг. из различных кафе и кабаре.