. В смутное время междуцарствования 1607–1610 годов Козельск был занят отрядом мятежников; два раза его осаждали царские воины; в 1610 году он был разорен запорожскими казаками. В 1617 году поляки подступили к Козельску, и царь Михаил Феодорович грамотою 18 октября 1617 года приказал князю Д.М. Пожарскому: «
мимо всех дел Козельску помощь учинить», но все-таки Козельск сдался полякам и находился в их власти до Деулинского перемирия. Вместе с Козельском неминуемо терпела разорение и Оптина Пустынь.
В «Списке иерархов Русской Церкви» Строева (1877 г.) значится игуменом Оптиной Введенской Макарьевской Пустыни Сергий в декабре 1625 года. Это первое документальное известие показывает, что Пустынь имела уже некоторую известность и управлялась игуменом.
В 1629–1631 годах, как видно из писцовых книг, в Пустыни была одна деревянная церковь и 6 келий (полагая в каждой келии по одному старцу и по одному послушнику, всего братства можно считать 12 человек) под управлением черного священника Феодорита.
С приобретением недвижимого имущества для мирной обители настали заботы о защите прав собственности при помощи гражданских властей.
Пожалованное царем Михаилом Феодоровичем мельничное место было отдано монастырем в аренду братьям Афанасию и Тимофею Желябужским, которые и построили мельницу. Но монастырская мельница возбудила в мирских людях зависть. Некто москвитянин Савинской слободы тяглец Мишка Кострикин подговорил козельских драгун и стрельцов и, по уговору с ними, построил ниже монастырской мельницы на реке другую мельницу, без царского указа, а монастырскую мельничную плотину и наливное колесо подтопил. Тогда старец Исидор с братиею подали 7 августа 1675 года царю Алексею Михайловичу челобитную на самоуправство Мишки Кострикина. Царь послал козельскому старосте Ивану Головкову указ «по просьбе старцев подтопы досмотреть, Мишку Кострикина допросить, а мельницу отписать на нас, Великаго Государя, а сказку прислать в Москве в приказ Костромской чети». По этому указу Иван Головков досмотр и сказку представил 22 сентября, а мельницу отписал. Между тем и стрельцы не зевали, и пока старцы писали челобитную, козельский стрелец Ивашка Корнильев за четыре дня раньше челобитной старцев подал царю Алексею Михайловичу 3-го дня того же августа челобитную, чтобы мельницу Мишки Кострикина отдать ему из оброку на 10 лет за 5 рублей в год. Но старцы 13 июля 1676 года вновь подали челобитную об уничтожении мельницы Мишки Кострикина. И царь Феодор Алексеевич приказал грамотою от 3 августа 1676 года новопостроенную мельницу Мишки Кострикина снести