Начнем с того, что Галилей лично знал и, более того, был в прекрасных отношениях со многими видными иерархами Католической Церкви, в том числе и с кардиналом Маффео Барберини, позже ставшим папой Урбаном VIII, в понтификат которого и произошло расследование «дела Галилея».
Мало того, в ряде случаев Церковь оказывалась гораздо более терпимой к деятельности ученого, чем большинство его коллег. В отличие от университетских профессоров, которые отказались признать, например, существование спутников у Юпитера (о чем говорил Галилей) и даже не удосужились взглянуть в телескоп, не доверяя какой-то «стекляшке», папа, на аудиенцию к которому был приглашен Галилео, с большим вниманием отнесся к его работам…
Когда в 1616 году Галилей впервые открыто попытался привлечь внимание к идеям Коперника, ему было указано на то, что, хотя данную теорию и возможно рассматривать как интересную математическую гипотезу, все же ее не следует привлекать к физическому объяснению мира. Подобной точки зрения придерживалось и большинство ученых того времени: научной считалась геоцентрическая система мира греческого ученого II в. н. э. Птолемея, основанная на физике Аристотеля. Да и собственно научного спора – между геоцентрической системой Птолемея и гелиоцентрической Коперника – в «деле Галилея» не было: пропагандируемая им теория Коперника отвергалась еще (или уже?) на богословском и даже прежде всего на философском уровне. В выводах Коперника инквизиторы усматривали противоречие Священному Писанию и явное «превышение научных полномочий»: стремление объяснить тайны мироздания, что, по мнению средневековых богословов, было задачей, невозможной для науки. Поэтому оппоненты Галилея – эксперты, назначенные Святейшей Инквизицией, – не «снизошли» до рассмотрения собственно научной аргументации, будучи уверены в том, что таковая просто невозможна.
Иными словами, собственно научный спор (Птолемей – Коперник) был вынесен за скобки, что сам ученый, безусловно, понимал. Да и вряд ли научная полемика привела бы к вызову Галилея в Рим и рассмотрению его дела инквизицией: «пустяками» инквизиторы не занималась. И хотя сам Галилей ни на какие философские или – тем более – богословские открытия не претендовал (в отличие, например, от Джордано Бруно), а лишь стремился привлечь внимание ученых к теории Коперника, в основу конфликта с Католической Церковью легли именно религиозно-философские обвинения, выдвинутые против флорентийского ученого.