А между тем затронутая Каптеревым тематика, безусловно, требует дальнейшего изучения. Это вызвано не только тем, что работа выдающегося русского церковного историка была первой и потому далеко не исчерпывающей попыткой разбора существующего материала – даже не привлекая дополнительного материала, можно с уверенностью сказать, что выводы Каптерева по поводу многих фактов русско-греческих церковных и политических связей являются во многом тенденциозными, на что ему указывалось уже рецензентами его трудов. Безусловно, отнюдь не все их упреки являются обоснованными, однако же у любого непредвзятого читателя трудов Н.Ф. Каптерева не может не сложиться впечатление, что его труды далеко не беспристрастны, что в них слишком много оценок, создающих негативный образ участников событий, что в них зачастую больше морализаторства, чем глубокого понимания тех отношений и той ситуации, которая складывалась в Греческой Церкви, вынужденной жить в глубоко нездоровой обстановке турецкого владычества.
К большому сожалению, можно констатировать, что Каптерев в недостаточной мере знал и привлекал греческие материалы, могущие пролить дополнительный свет на описанные им события, что вообще греческая сторона дела была ему известна далеко не достаточно, что во многом было вызвано плохой разработкой греческой церковной и гражданской истории XVI–XVII веков.
Кроме того, Н.Ф. Каптерев практически не учитывал в своей работе богатых фондов подлинных греческих грамот, присылаемых в Россию на протяжении XVI–XIX веков, пользуясь лишь их русскими переводами, что существенно обедняет его труд. Подробное изучение и издание этих грамот до сих пор остается настоятельной потребностью русской науки.
Кроме того, Каптерев, не будучи в состоянии охватить весь релевантный материал, был слишком резок в своих суждениях, осуждая греков за их вмешательство в дела Русской Церкви и далеко не всегда желая отметить по достоинству тот огромный вклад, который они внесли в культурную, образовательную и политическую жизнь России предпетровского времени. Служба греков как политических агентов и проводников русской политики на Востоке также далеко не всегда оценивается Каптеревым положительно – почти во всех проявлениях греческой деятельности в России автором чаще подчеркивается их отрицательная сторона, нежели польза, принесенная ею российской державе. А между тем не стоит забывать того простого факта, что все описанные Каптеревым греки, даже те, моральный облик которых вызывает у него нарекания, выступали как горячие патриоты России, желавшие всяческого преуспеяния и роста российской державе. Одно то, что греки сыграли немалую роль в воссоединении России с Малороссией, делает их положительный вклад в русское дело поистине огромным.