Константинопольская Церковь в это время переживала большие трудности в связи с политическим конфликтом между греками и болгарами. Русское правительство и Святейший Синод поручили архимандриту Феофану как знатоку Востока собрать сведения, которые могли бы осветить положение греко-болгарской распри. Он исполнил возложенную на него миссию и 9 марта 1857 года представил отчет, в котором писал об освободительном движении среди болгар и о состоянии Константинопольского Патриархата. Этот отчет имел впоследствии большое значение при обсуждении греко-болгарского конфликта Святейшим Синодом Русской Православной Церкви. Архимандритом Феофаном были созданы школы для обучения грамоте болгарских детей и взрослых. Своей симпатией к болгарскому народу, сочувствием к его законным требованиям, искренним желанием помочь ему архимандрит Феофан снискал себе большую любовь среди болгар.
За время пребывания в Константинополе будущий святитель еще более укрепил знание греческого языка, которое практически применил в последующих трудах. На православном Востоке он собрал множество драгоценных жемчужин святоотеческой, главным образом аскетической, письменности. Но недолго архимандриту Феофану пришлось пробыть в Константинополе: ему предназначалось новое, более ответственное поприще служения Церкви и Отечеству.
13 мая 1847 года указом Святейшего Синода архимандрит Феофан назначается на должность ректора Санкт-Петербургской Духовной Академии, которую, подчиняясь водительству Промысла Божия, успешно возглавляет в течение двух лет.
Как ректор, архимандрит Феофан посещал лекции профессоров, присутствовал на экзаменах, следил за всем ходом учебного дела в Академии. Особое внимание он обращал на воспитательную работу во вверенной ему духовной школе.
На посту ректора Санкт-Петербургской Духовной Академии отец Феофан усиленно занимался также редакторской и богословско-популяризаторской работой. Свои сочинения он публиковал главным образом в академическом журнале «Христианское чтение», который выходил тогда под его наблюдением.
Время ректорства архимандрита Феофана совпало с празднованием 50-летия открытия Санкт-Петербургской Духовной Академии.
За труды по подготовке и проведению юбилея, который отмечался 17 февраля 1859 года, Святейший Синод наградил архимандрита Феофана орденом святого князя Владимира III степени.