Епископ Феофан в Вышенскую пустынь прибыл в качестве ее настоятеля. Однако суетная должность нарушала его внутренний покой, и он скоро подал новое прошение – об освобождении от должности настоятеля. Святейший Синод удовлетворил эту просьбу. Долгожданное уединение, к которому так настойчиво стремился святитель, наконец, по милости Божией, пришло.
По своему внутреннему устройству Вышенская пустынь представляла собой мужской общежительный монастырь. Устав и обычай пустыни отличались большой строгостью.
Святитель Феофан до конца жизни чувствовал себя вполне счастливым на Выше. «Вышу можно променять, – говорил он, – только на Царство Небесное» (13, с. 5).
В первые шесть лет своего пребывания в Вышенской пустыни преосвященный Феофан не уединялся окончательно. Вместе с иноками обители он ходил ко всем церковным службам, а в воскресные и праздничные дни сам совершал литургию соборно с братией.
Внешняя обстановка вполне соответствовала духовным потребностям святителя-подвижника. Он охотно принимал посетителей – родных и почитателей, искавших его духовных советов, вразумлений и наставлений.
Святитель Феофан в начале своего пребывания в Вышенской пустыни испытывал борьбу с помыслами, которые внушали ему сожаление о раннем оставлении кафедры. В 1872 году после кончины митрополита Московского Иннокентия (Вениаминова-Попова)[12] духовное начальство предложило епископу Феофану принять в управление Московскую епархию, в этом же году он получил предложение заседать в судном отделении Святейшего Синода. В 1879 году через Святейший Синод святителя Феофана приглашал в Японию архимандрит Николай (Касаткин)[13]. Но святитель Феофан отказался от всех этих предложений.
После пасхальных дней 1872 года он начал вести затворническую жизнь. Он прекратил всякие сношения с людьми, перестал ходить с братией на богослужение и затворился в отдельном флигеле. С этого времени он принимал к себе только настоятеля пустыни архимандрита Аркадия, духовника игумена Тихона и келейника отца Евлампия.
К этому времени епископ Феофан устроил в своих келиях малую церковь во имя Крещения Господня, в которой он служил Божественную литургию во все воскресные и праздничные дни, а последние одиннадцать лет – ежедневно.
В богослужении и молитве, в подвигах телесных и духовных проходила большая часть затворнической жизни архипастыря.