На этом этапе развития схоластика нередко выступала как оппозиционное течение не только отдельным еретическим доктринам, но и философским идеям поборников чистой веры (П. Дамиани, Б. Клервосский). Особое раздражение у последних вызывали доказательства бытия Бога, т. е. рациональное обоснование его существования.
XII–XIII века – период зрелой схоластики. Схоластика развивалась в средневековых университетах, среди которых особое место занимал Парижский. Огромную роль стал играть аристотелизм, постепенно вытесняя платоновскую философию. При этом философские идеи Аристотеля интерпретировались двояко: с одной стороны, это был пантеистический вариант аристотелизма, учивший о единой безличной интеллектуальной душе во всех существах (Сигер Брабантский). (Пантеизм – философское учение, максимально сближающее понятия «Бог» и «природа», исходящее из одухотворения природы и наделения ее божественными свойствами). С другой – философско-теологический вариант, в котором онтология Аристотеля была подчинена христианским представлениям о личном Боге, личной бессмертной душе и сотворенном космосе (Альберт Великий, Фома Аквинский).
Фома Аквинский (1225–1274) считается центральной фигурой схоластической философии в Западной Европе. Основная задача, решаемая им при определении своих философских позиций, – интерпретация аристотелизма в христианско-католическом духе («О правлении властителей», «Сумма теологии»).
К этому времени достаточно возросла роль научного знания и игнорировать его развитие было уже невозможно.
В философии уже были разработаны разные варианты решения проблемы соотношения веры и знания (религии и науки; религии и философии) – рационализация теологии и фактическое ее подчинение философии (П. Абеляр, Р. Бэкон); теория «двух истин» в двух ее разновидностях: одна из них шла от философов Шартрской школы и сводилась к утверждению, что предметы и методы науки (философии), с одной стороны, а с другой – религии (теологии) – различны, а значит между ними не существует противоречия; другая разновидность этой концепции констатировала закономерность появления противоречий между истинами откровения и истинами разума.
Фома Аквинский разработал собственный вариант решения проблемы: по методу достижения истины наука и религия отличаются друг от друга, но по предмету такое различие является лишь частичным. По его мнению, есть истины науки, которые не имеют прямого отношения к религии, и в то же время не все религиозные догматы нуждаются в рациональном обосновании (они сверхразумны и их понимание не под силу разуму). Но ряду догматов религии необходимо обоснование, так как это укрепляет веру человека в них. Отсюда принцип гармонии веры и разума (однако при этом не отрицается приоритет веры над разумом).