Большое значение в возрожденной России Федотов придавал и науке. Он осуждал идеологизацию и политизацию науки в советском обществе, политику власти, ограничивающую деятельность старых преподавательских кадров в высших учебных заведениях, и предостерегал от того, чтобы внимание к политической благонадежности, присущее во многом советскому времени, не мешало ученым. Они должны профессионально противостоять натиску надзирателей науки. «Установление границ и распорядка этого мира есть задание самой русской науки и не может быть предвосхищено государством». Федотов выступал за развитие науки, свободной от политики. Вместе с тем он предупреждал, что свободная наука может попираться и диктатурой, и демократией, и даже самими учеными под флагом автономии и что «только культура может спасти культуру»[60].
Возрождение России Федотов связывал с христианством, с его духовными и культурными ценностями. Возрождение страны он не мыслил без изменений, связанных с религией и положением Церкви. Он осуждал «богоборческую ярость» советской власти, пагубные последствия революции, в результате которой от религии были отвергнуты широкие массы населения и возник религиозный индифферентизм. Но Федотов считал, что гонения советской власти не уничтожили православную церковь и что она проявила большую духовную силу и способность к творческому восстановлению. Одновременно он признавал, что завоевание народных масс после атеистического раздолья потребует большой культуры и перестройки церковных работников, выработки разных форм церковно-социального служения. Церковь в России – «хранительница самых чистых и глубоких национальных традиций», поэтому она должна получить свободу, которая не будет свободой изгоев и изгнанников. Государство может оказывать церкви поддержку обеспечением религиозного (факультативного) преподавания в школе для всех вероисповеданий, материальными затратами на содержание храмов, признанных исторической и художественной ценностью, без профанирующего обращения их в музеи. В свою очередь, церковь, политически лояльная к государству, должна сохранять независимость своего нравственного суда. Тогда откроются пути для медленного срастания православной церкви с новым демократическим обществом.
Федотов верил в возрождение истинного христианства, в оцерковление культуры, что означает не подчинение внешнему авторитету церкви, а осуществление «религиозно-культурного единства, при котором Церковь не противостоит культуре, но творит ее в своих недрах». Только православие способно решить социальные проблемы, выполнив заветы христианства. «Если грядущая Россия будет страной народовластия, то она найдет церковные формы его освящения»