Это время для Федотова было насыщено огромной интеллектуальной работой. Он слушал лекции по истории и философии в университетах Берлина и Йены. После возвращения в Россию он поступает на историко-филологический факультет Петербургского университета. Здесь, под влиянием его учителя И. М. Гревса, создателя блестящей петербургской школы медиевистов, формировались научные взгляды Федотова. В его окружении в эти годы находились будущий религиозный философ Л. П. Карсавин, С. С. Безобразов (впоследствии епископ Кассиан Катанский), В. В. Вейдле, в дальнейшем критик и литературовед, профессор богословского института, О. А. Добиаш-Рождественская, получившая известность как медиевист, источниковед, палеограф, и др.
Необычное трудолюбие, эрудиция, самодисциплина, талант глубоко проникать в суть изучаемых тем обусловили дальнейшее пребывание Федотова в университете для подготовки к профессорскому званию. После сдачи магистерских экзаменов (1914–1915 гг.) Федотов получил приват-доцентуру по кафедре средних веков. С 1917 г. он должен был приступить к чтению лекций в университете. Однако студентов, записавшихся на курсы лекций по средневековью, оказалось недостаточно для открытия курса. Во время революции 1917 г. Федотов не проявлял никакой политической активности, целиком погрузившись в религиозно-философские размышления.
Осенью 1917 г. Федотов поступил на работу в отдел истории Публичной библиотеки, где познакомился с философом А. А. Мейером и известным религиозным деятелем А. В. Карташевым, под воздействием которых развивалось его религиозно-христианское мировоззрение.
В советские годы Федотов работал переводчиком в разных издательствах, писал статьи о европейской культуре. В 1924 г. вышла единственная изданная в России книга Федотова «Абеляр». В этой книге трагическая судьба религиозной личности была показана как отражение историко-культурной эпохи. Эта тема станет одной из ведущих в трудах Федотова, посвященных разным конкретно-историческим условиям.
Критическое отношение к советской действительности, трудности быта, гонения на свободную творческую мысль заставили Федотова эмигрировать из России. В 1925 г. он поселился в Париже. В научном творчестве он успешно сочетал темы западной и российской истории. Для многих российских эмигрантов-интеллектуалов, как и для Федотова, обращение к России, ее истории и культуре являлось не только академическим занятием, но и актуальной жизненной темой. Труды Федотова разных лет «Святой Митрополит Московский», «Святые Древней Руси», «И есть, и будет», «Социальное значение христианства», «Эсхатология и культура», многочисленные статьи в евразийских «Верстах», в бердяевском «Пути», в издании Керенского «Новая Россия», в «Современных записках», в «Новом журнале» и в других органах печати сохраняют научную ценность и по сей день. Этому способствовали высочайший профессионализм и талант ученого.