В то же время в качестве одного из серьезных недостатков сложившейся системы государственного регулирования и поддержки сельского хозяйства специалисты отмечают практически полное отсутствие учета региональной специфики агропромышленного производства, присущей субъектам Российской Федерации. Так, Р. Янбых отмечает, что на 30 % территории страны преобладают крупные, корпоративные формы сельскохозяйственного производства, представленные различными типами агрохолдингов и агрофирм. Примерно такая же часть субъектов РФ характеризуется преимущественным развитием малых форм хозяйствования, а на оставшихся 40 % территории агробизнес имеет смешанную структуру [189]. При этом как действовавшие до текущего года документы, определявшие формы, размеры и условия предоставления государственной поддержки, так и текст новой Государственной программы развития сельского хозяйства и регулирования рынков сельскохозяйственной продукции, сырья и продовольствия на 2013–2020 гг. включают унифицированный набор мероприятий, не предусматривающий учет имеющихся особенностей региона, а также различную степень доступности к бюджетным средствам сельхозтоваропроизводителей, имеющих разные организационно-правовые формы и масштабы деятельности.
Еще один аспект, связанный с территориальной спецификой, требует повышенного внимания. В регионах, а также отдельных районах внутри них, отличающихся неблагоприятными условиями для ведения сельскохозяйственного производства и соответственно низкой его эффективностью, средства государственной поддержки зачастую не выбираются, то есть данный ресурс остается недоиспользованным. В то же время таким территориям нередко грозит депопуляция, свертывание как сельскохозяйственного, так и других, связанных с ним видов производства, опустынивание, то есть предприятиям, размещенным в таких зонах, крайне нужны средства государственной поддержки. Очевидно, что для этих территорий необходима разработка специального комплекса мер социального характера.
Серьезным препятствием для развития собственных систем поддержки субъектов хозяйствования в аграрном секторе является сложившийся порядок получения средств государственной поддержки, предусмотренных федеральными программами. Получение федеральных субсидий в соответствии с действующими в настоящее время документами возможно исключительно при условии софинансирования из регионального бюджета. Данное положение ведет к распылению средств, которые регион в состоянии выделить на развитие аграрного сектора экономики, так как вынужден участвовать даже в тех федеральных программах, которые не совсем отвечают целям и приоритетам регионального развития. В результате для формирования региональной системы государственной поддержки, позволяющей учесть местные условия, бюджетных средств не хватает.