Все это побудило Наполеона начать действовать. 19 (7) октября французы выступили из Москвы к Тарутину, надеясь застать врасплох Кутузова, нанести ему поражение и пробиться к Калуге. Древняя столица России была сожжена и разграблена. Французы попытались взорвать Кремль, но по счастью разрушения оказались не слишком велики. Новые планы Наполеона снова были разрушены. Партизанский отряд Сеславина обнаружил наполеоновскую армию у села Фоминское и передал сведения об этом в штаб Кутузова. Русская армия выступила из Тарутинского лагеря и двинулась навстречу французам. 24 (12) октября произошло ожесточенное сражение передовых частей обеих армий за Малоярославец. Город 8 раз переходил из рук в руки. И хотя в конце концов французы овладели городом, надежду пробиться к Калуге Наполеону пришлось оставить: подошедшие основные силы русской армии заняли сильные позиции под Малоярославцем. Наполеон дал приказ начать отступление на Можайск и далее на разоренную войной старую Смоленскую дорогу.
Окончательно вырвав из рук противника стратегическую инициативу, Кутузов развернул общее контрнаступление. Оно носило активный характер и ставило своей целью, сохраняя армию, не просто изгнать, но полностью уничтожить неприятеля. Огромную роль в преследовании французов играли армейские и крестьянские партизанские отряды, а также мобильные казацкие части атамана Платова.
В боях под Вязьмой и Дорогобужем бегущий на запад противник потерял около 13 тысяч человек убитыми, ранеными и пленными. В бою под Ляховом партизаны окружили и заставили сдаться целую неприятельскую дивизию во главе с генералом Ожеро. Оставляя Москву, Наполеон располагал армией в 107 тысяч человек. В Смоленск ему удалось привести всего лишь около 60 тысяч человек, считая и пополнение.
В середине ноября русские войска окружили наполеоновскую армию у реки Березины. Однако из-за несогласованности действий русских корпусов Наполеону удалось переправиться через Березину у деревни Студянки. Впрочем, на западный берег перешло лишь около 9 тысяч человек. Остальные или погибли, или были взяты в плен. После Березины Наполеон бежал в Париж. На вопрос: «В каком положении находится армия?» – он ответил: «Армии больше нет».
28 ноября по старому стилю русские войска заняли Вильно. 2 декабря у Ковно через Неман переправились около 1000 неприятельских солдат. Это были последние остатки главных сил Наполеона. Всего из 600-тысячной «Великой армии» спаслось бегством около 30 тысяч человек. Война, как писал Кутузов, «окончилась за полным истреблением неприятеля».