В возрасте двух лет Кришна чуть не умер от малярии. В последствии, он долго еще страдал от ее приступов и сильного носового кровотечения, из-за чего не смог посещать школу и сблизился с матерью гораздо больше, чем остальные ее дети. Он любил ходить вместе с ней в храм. Он был таким рассеянным, мечтательным ребенком, таким слабым в учении, которое ненавидел, что у учителей создалось мнение о его умственной отсталости. Тем не менее, он был необычайно наблюдателен и оставался таким всю жизнь. Он мог часами стоять, наблюдая за деревьями и облаками, или сидеть на корточках, разглядывая цветы и насекомых. Он был очень щедрым, – вторая отличительная черта, которую он пронес через всю свою жизнь. Он часто возвращался из школы без карандаша, грифельной доски или книг, отдав их более бедному ребенку; когда же по утрам нищие подходили к дому, чтобы получить обычную милостыню в виде сырого риса, и мать посылала Кришну раздать еду, он всегда возвращался за новым запасом, потому что высыпал весь рис в суму первого же нищего. Когда же нищие возвращались вечером за приготовленной едой, а слуги пытались их прогнать, Кришна бежал в дом, чтобы вынести пищу. Если Саньевамма давала детям сладкое, Кришна брал небольшую часть своей доли, отдавая братьям все остальное.
У Кришны была еще одна постоянная черта, которая странно противоречит его мечтательной натуре, – любовь к технике. Это впервые проявилось, когда он однажды разобрал по частям часы отца для того, чтобы понять их устройство, и отказался идти в школу и даже есть до тех пор, пока не собрал часы снова, кажется, преуспев в этом. Особо тесной была связь Кришны с братом Нитьянанда (Нитья), который был на три года его моложе. Нитья был таким же быстрым и ярким в учебе, каким Кришна рассеянным и не поддающимся обучению; с годами Кришна становился все более зависим от младшего брата.
В 1904 году умерла старшая сестра Кришны, двадцатилетняя девушка с ярко выраженной духовной натурой. После ее смерти впервые проявилось, что Кришна был ясновидящим: они с матерью часто видели умершую в одном и том же месте в саду. На следующий год, когда Кришне было десять с половиной лет, на семью обрушилась еще более страшная беда: умерла Саньевамма. После ее смерти Кришна видел мать еще более отчетливо, чем сестру, как свидетельствует Нарианья