Натуралисты ввели в творческую практику предварительную подборку и изучение жизненного материала. Неуклонно придерживался этой практики и Эмиль Золя. Так, написанию романа «Ловушка» предшествовало изучение жизни трудового народа в Сент-Антуанском предместье, приступая к роману «Дамское счастье», он тщательно знакомился с функционированием большого парижского универмага, задумав роман «Деньги», Золя посещал биржу и интересовался финансовыми операциями и т. д. Подготовительные студии к «Жерминалю» включили посещение Анзена – каменноугольного района на севере Франции, где весной 1884-го произошли события, которые легли в сюжетную основу романа. Попасть туда было непросто, потому что правительство закрыло доступ к этому району, и Золя пришлось оформиться секретарем знакомого парламентария, члена комиссии, которая расследовала дело. В Анзене писатель тщательно изучал условия жизни и труда шахтеров, посещал их семьи, спускался в шахты и ползал на четвереньках в тесных забоях, расспрашивал о забастовке и расстреле забастовщиков войском. Это все дало произведению особую убедительность, в нем ощутимо горячее дыхание жизни, его трепет.
В романе находим широкие и подробные описания шахтерского поселка, помещений шахтеров, их быта и обычаев, условий труда и т. д. Конфликт намечается постепенно и развивается медленно, вырастая из аналитически описанной среды, из структуры данного «куска жизни», как это и определено принципами «экспериментального романа», разработанными Золя. В такой эстетико-художественной системе, которой придерживался автор «Жерминаля», без этих развернутых и подробных описаний, без этого основательного бытового оснащения сюжета изображенные в романе события, конфликт между шахтерами и каменноугольной компанией считались бы недостаточно мотивированными и достоверными.
Сюжет «Жерминаля» на длительное время стал в европейской литературе сюжетной моделью романов на рабочую тематику. В шахтерский поселок прибывает молодой рабочий, парижанин Этьен Лантье, носитель более высокого рабочего сознания. Стремясь помочь своим «братьям по классу», он организует на шахте забастовку, к которой присоединяются другие шахты. Один из кульминационных моментов произведения – сцена шахтерской сходки, где было принято коллективное решение о совместном выступлении. С этого времени внимание Золя все больше переключается на рабочую массу, которая пришла в движение, появляется все больше мастерски выписанных сцен и картин, которые свидетельствуют о появлении массового героя – пролетариата, поднявшегося на борьбу. Рисуя массовые сцены, писатель снова, как и в «Карьере Ругонов», прибегает к романтическим краскам и тональностям, как, например, в сцене рабочей сходки в лесу: «На сходку собралось около трех тысяч шахтеров; народ толпился, мужчины, женщины, дети мало-помалу заполнили всю поляну вплоть до дальних деревьев. То и дело подходили запоздавшие; окутанные мраком фигуры маячили в ближних зарослях, и по неподвижному застывшему лесу, словно ветер в бурю, проносился гул голосов». И далее «…луна заливала всю прогалину вплоть до отдаленной лесной поросли, резко вычерчивая волнующееся море голов и серые стволы исполинских деревьев. В морозном воздухе мелькали возбужденные лица изголодавшихся людей – мужчин, женщин, детей, с блестящими глазами, раскрытыми ртами, готовых ринуться вперед и взять с бою отнятое у них исконное добро».