Родился Эмиль Золя 2 апреля 1840 года в городе Экс, на юге Франции, в семье инженера-строителя, итальянца по происхождению. Там же, в Эксе, который впоследствии в «Ругон-Маккарах» станет прообразом города Плассана, прошли его детство и юность. Золя был еще мальчиком, когда умер отец, и семья оказалась в трудном материальном положении. Учился будущий писатель в местном лицее, самое примечательное событие его школьных лет – дружба с Полем Сезанном, которую оба пронесли через всю жизнь.
Восемнадцатилетним юношей Золя переезжает в Париж с твердым намерением стать писателем. Живет бедно на случайные заработки, в неотапливаемой зимой мансарде, но непреклонно идет к своей цели. Дела немного улучшились, когда ему удалось устроиться в парижское издательство «Ашетт», удачей было и то, что эта служба открывала ему доступ в литературные круги столицы.
Писать Золя пробовал еще в лицее, причем начинал как поэт-романтик. В первые годы пребывания в Париже он создал масштабные по замыслу романтические поэмы. Далее эстетико-литературные ориентиры Золя быстро меняются: в середине 60-х годов он становится сторонником реализма, а к концу того же десятилетия приходит к натурализму. В 1864 году появляется его первый прозаический сборник «Сказки Нинон», романтический по своему характеру, навеянный легендами и преданиями родного Прованса. Романы середины 60-х годов, в частности «Исповедь Клода» и «Завещание умершего», отражают эстетико-художественную эволюцию молодого писателя, поиски своего пути в литературе. Первым зрелым произведением Золя справедливо считается роман «Тереза Ракен» (1868), который, вместе с «Жермини Ласерте» Э. и Ж. Гонкуров, был одним из первых натуралистических романов во французской литературе. Далее появляется роман «Мадлен Фера» (1869), и в это же время возникает замысел значительного творения романного цикла «Ругон-Маккары». До франко-прусской войны 1870–1871 годов был написан первый роман цикла «Карьера Ругонов», но книга вышла уже после окончания войны и Парижской коммуны, осенью 1871 года.
Когда прусские войска начали продвигаться в Париж, Золя уехал на юг Франции, где оставался до марта 1871-го. Республиканец и демократ по убеждениям, он приветствовал падение ненавистной Второй империи; дальнейшие драматические события французской истории вызывали у него замешательство. Восприняв Парижскую коммуну как взрыв разрушительной стихии, Золя не стал ее сторонником; возмущала его и политика версальцев и их террор: «Это отвратительно. Идет братоубийственная война, и у нас прославляют тех, кто убил больше своих сограждан! Абсурд!» К Третьей республике Золя сначала отнесся благосклонно, однако прошло немного времени, и он убедился, что коренных изменений не произошло, что богатство и власть принадлежат тем же людям, что и при Второй империи.