Принципиально важную тематическую группу составляют романы о трудовом народе – о ремесленниках и рабочих парижских пригородов («Ловушка», 1877), об углекопах и борьбе труда и капитала («Жерминаль», 1885), о французском крестьянстве и власти земли над его жизнью и сознанием («Земля», 1887). Тема народа входит и в ряд других романов, занимая в некоторых из них значительное место, как в «Карьере Ругонов», где изображено выступление крестьян и ремесленников в защиту республики в 1851 году, в «Разгроме», где Золя одним из первых в мировой литературе показал народ на войне. Во всех этих произведениях раскрывается глубокий демократизм писателя, его искренняя симпатия к трудовому народу. Народ изображен в «Ругон-Маккарах» жертвой социальной несправедливости, «добычей» буржуа-хищников, всевозможных аферистов, спекулянтов, которым режим Второй империи открыл широкие возможности. В то же время Золя, все глубже задумываясь о перспективах движения общества, постепенно приходит к осознанию народа как великой исторической силы, без которой невозможно представить будущее («Жерминаль»).
В «Ругон-Маккарах» охватываются и другие сферы тогдашней французской действительности, жизни других общественных слоев и групп. Значительное внимание уделено церкви и церковникам в романах «Завоевание Плассана» и «Проступок аббата Муре»; в первом разоблачено неприглядную общественно-политическую практику духовных лиц, а во втором показано, насколько христианско-аскетические догмы противоречат законам природы, стихии жизни, насколько они чужды и враждебны им. Правящую верхушку Второй империи изображено в романе «Его превосходительство Эжен Ругон», которым Золя положил начало жанровой разновидности политического романа во французской литературе. Присущие Второй империи моральная растленность, жажда чувственных наслаждений отражены в «Нана» – романе о жизни куртизанок; и одновременно, по определению автора, это роман о «растлении, идущем с низов, ловушке, которой правящие классы дали свободно развиться». Артистической среде, проблемам искусства посвящен роман «Творчество» (1886), который дает очень много для выяснения эстетических взглядов Золя периода творческого расцвета.
Кроме того, в цикл «Ругон-Маккары» входят романы, где Золя ставит научные или научно-философские проблемы, – в какой-то степени они являются аналогом «философских этюдов» в «Человеческой комедии», по крайней мере, на них возлагаются близкие или схожие задачи. Отчасти это присуще уже «Аббату Муре», но особенно характерны в этом отношении романы «Радость жизни» и «Доктор Паскаль», где Золя стремился истолковать научно-философски огромный эмпирический материал. В ряде романов «научная» и «социальная» тематики сочетаются; показательный в этом плане роман «Человек-зверь», в котором изображение железной дороги и труда железнодорожников переплетается с изучением ужасного невроза, которым болеет главный персонаж Жак Лантье.