Отношения между двором Петра в Преображенском и официальным двором в Кремле, корректные в первые годы правления Софьи, постепенно, по мере того как взрослел Петр, приобретали оттенок враждебности. Обе стороны зорко следили за действиями друг друга. В Преображенском не остались незамеченными участившиеся появления правительницы Софьи в разнообразных церемониях. 8 июля 1689 года правительница совершила вызывающий поступок – она осмелилась вместе с царями участвовать в соборном крестном ходе. Разгневанный Петр сказал ей, что она, как женщина, должна немедленно удалиться, ибо ей непристойно следовать за крестами. Однако царевна оставила без внимания упрек Петра, и тогда он в состоянии крайнего возбуждения умчался в Коломенское, а оттуда в Преображенское. В окружении Петра вызывало недовольство и то, что в титуле официальных актов упоминалось имя правительницы – «благоверной царевны и великой княжны Софьи Алексеевны». Царица Наталья Кирилловна открыто выражала возмущение: «Для чего она стала писаться с великими государями вместе? У нас люди есть, и они того дела не покинут».
Если в Преображенском на эти действия Софьи смотрели как на попытку приобрести популярность и в конечном счете произвести правительственный переворот, то и в Кремле аналогичные опасения вызывали увеличение численности потешного войска и непрерывные заботы Петра о его вооружении. Оговорим, однако, что сохранившиеся документы не дают основания утверждать, что у Петра в это время проснулось властолюбие и он проявлял такой же интерес к власти, как, скажем, к кораблестроению или военным потехам. Честолюбие на первых порах надо было подогревать, что и делала царица-мать, руководимая советниками, более опытными в политических интригах.
О Софье, напротив, нельзя сказать, что у нее отсутствовало властолюбие. Освоившись с положением правительницы и привыкнув к власти, Софья исподволь готовила дворцовый переворот с целью лишить Петра прав на престол. Своему второму фавориту, Федору Шакловитому, руководившему Стрелецким приказом, правительница поручила разведать, как отнесутся стрельцы к ее воцарению. Шакловитый пригласил в скрытую от посторонних глаз загородную резиденцию верных стрелецких командиров и без дальних разговоров предложил им написать челобитную с просьбой, чтобы Софья венчалась на царство.