У Зинаиды и Даниила были и другие дети. Младенцы Иоанн и Нина умерли в раннем возрасте, в голодные и холодные военные годы. А братья Леонид (+1998) и Борис – будущий архимандрит Феодор – выжили в войну и прожили затем достаточно долгую жизнь.
Во время Великой Отечественной войны батюшка с мамой и братом Леонидом оставались на Украине, на оккупированной территории. Отец Феодор, вспоминая военное время, говорил, что фашистов люди на оккупированных территориях люто ненавидели. Прежде всего, конечно, за их жестокость. В памяти батюшки оккупанты остались «нелюдями», «зверями», поэтому, как он говорил, была у людей великая радость, когда немцев погнали назад, а затем и вовсе окончательно добили.
После войны, в 1946 году, в Москве открылся Богословский институт (или, если точнее, богословские курсы), и отец Феодор, которому было тогда 17—18 лет, поступил на 1-й курс. Вскоре институт перевели из Москвы во вновь открытую Троице-Сергиеву Лавру, и юный Борис Андрющенко стал семинаристом. Учился он на одном курсе с будущими великими лаврскими старцами – архимандритом Кириллом (Павловым) и архимандритом Тихоном (Агриковым, в схиме – схиархимандрит Пантелеимон). С отцом Тихоном, который еще студентом был рукоположен во иеромонахи и окормлял духовно многих прихожан и в академии, и в Лавре, отец Феодор просидел за одной партой все годы учебы. И конечно, они очень сильно сдружились. Марк Харитонович Трохимчук (+2005) в своих воспоминаниях о жизни духовных школ того времени писал: «Из тех, чьи имена впоследствии стали на слуху, назову Василия Агрикова (будущий духовник Лавры, архимандрит Тихон), Бориса Андрющенко (будущий архимандрит Феодор). В семинарии эти двое были неразлучны. Василий – высокий, лицо худощавое. Борис – просто мальчик. Агриков отличался особой стеснительностью, все делал не спеша, с какой-то таинственной значительностью. Воспитатели обоих хвалили за поведение, всем ставили в пример»1.
Как вспоминал батюшка, они с отцом Тихоном были настолько духовно близки, что не было у них друг от друга никаких тайн и секретов. С отцом Кириллом такой близости не было, однако батюшка всегда очень тепло отзывался и об о. Кирилле, указывая на его, как он часто говорил, характеризуя кого-либо, «особенность». А особенностью этой было большое усердие о. Кирилла к чтению Евангелия. По словам о. Феодора, о. Кирилл, еще будучи студентом духовных школ, не расставался со стареньким, небольшого формата Евангелием, которое он где-то нашел и постоянно читал, пользуясь любой свободной минутой. Так о. Кирилл любил это чтение, что очень мало общался с однокурсниками, вообще был немногословен, предпочитал молитву и чтение Евангелия всему остальному. Кстати сказать, о. Кириллу ошибочно приписывают участие в обороне известного «дома Павлова» в Сталинграде. Действительно, будущий о. Кирилл во время войны оборонял «город Сталина», но неприступный дом защищал другой человек – однофамилец о. Кирилла сержант Яков Павлов. А о. Кирилл большую часть войны провел на штабных должностях, по воспоминаниям его самого, был писарем.