Вскоре ему пришлось начать действовать в новом своем звании. Он осадил укрепленную башню, которую французы содержали после прошлой оккупации города в поддержку своего судоходства, конкурировавшего с генуэзским флотом. Используя легкие быстроходные парусные суда, Андреа абордировал и захватил в жестокой схватке наиболее приблизившееся французское судно снабжения. Французы в ответ блокировали Геную, изгнали дожа и установили оккупационное правление. Андреа с малыми мореходными судами удалось освободить дожа, его основных советников и тайно перевезти их в Лериси, на южное побережье. К счастью, испанцы разбили французов в следующем году в Наварре, и те по условиям мирного договора были обязаны оставить Геную.
Андреа вернулся на свой пост. Командуя шестью галерами, он вел в ближайших морях войну против турок и пиратов. В одном из походов моряк захватил три галеры корсаров-берберов и двух турецких купцов с драгоценностями, что положило начало и «флоту Дориа», и его большому личному богатству. Он в решительном бою разгромил корсара из Северной Африки Гад-Али, который в 1514–1516 годах терроризировал западное побережье Италии. В этой первой важной победе генуэзцев над пиратами были взяты семь арабских судов, включая флагманскую галеру и главу пиратов. Андреа Дориа возвратился подлинным героем, а трофейные суда пополнили его флот.
В 1516 году Андреа с двумя генуэзскими галерами принял участие в соединенном рейде христианских государств на пиратскую гавань в Бизерте, где базировалась флотилия Хайдреддина Барбароссы.
В период Итальянских войн 1494–1559 годов Дориа, ставивший целью отстоять независимость Генуи, первоначально рассчитывал на помощь Франции и в 1522–1525 и 1527–1528 годах служил королю Франциску I. В 1525 году он атаковал пятнадцать испанских галер у Генуи и тринадцать из них взял. Моряк был готов силой освободить попавшего в плен короля, но Франциск предпочел решить вопрос дипломатическим путем. Через несколько месяцев, не получая от Франции денежных вознаграждений, Андреа, силы которого составляли шесть галер и две бригантины, перешел на службу к Папе Клименту VII. В стремительной атаке он за-хватил 15 из 16 пиратских кораблей. Сам Барбаросса, видя поражение, бежал на быстроходном флагманском галиоте.
Через год Папа заключил союз с Франциском I, Республикой Венецией и герцогом Миланским в связи с наступлением императорских испанских войск Карла V на Северную Италию. 19 ноября 1529 года Андреа встретил испанские силы со своим флотом. Командуя правым флангом, он в разгаре боя поставил свою галеру между двумя испанскими, потопил одну и повредил вторую. К концу 4-часового беспощадного боя вице-король отступил. В сражении Дориа продемонстрировал не только личную храбрость, но и умелое управление соединенными силами.