Индийские ученые Р. Сахни и Р. Банерджи откапывали улицы городов-близнецов и находили в них одинаковые прямоугольные кварталы с четкой планировкой, застроенные одинаковыми кирпичными домами. На огромной площади почти в 260 гектаров разместились целые кварталы и отдельные сооружения Мохенджо-Даро – «Холма мертвых» (так переводится это название). Холм был увенчан буддийской молитвенной ступой, построенной во времена существования Кушанского царства – через 15 веков после гибели великого города.
Некоторые ученые и археологи, устремившиеся сюда из многих стран мира, долго отрицали самостоятельность индийской цивилизации в этом районе, считая ее восточным вариантом шумерской культуры. Другие исследователи, наоборот, полагали, что Хараппа и Мохенджо-Даро не были похожи на своих ровесников из Элама, Шумера и раннединастического Египта. У городов Двуречья была иная планировка, а строительным материалом служил кирпич-сырец. Только с постепенным освобождением из-под земли новых кварталов и строений миру явилась цивилизация, которую теперь называют протоиндийской.
Письменные источники шумеров рисуют иной образ жизни городов Двуречья и иное мировоззрение их жителей. И тогда ученые стали искать упоминания о вновь открытых городах в «Ригведе» – древнейшем литературном памятнике Индии. Но и там они обнаружили лишь туманные упоминания о «пура», населенном «хитрыми купцами». Однако легенды и предания о богатом и прекрасном городе в долине Инда существовали с незапамятных времен. Но свободные и красивые люди, населявшие этот город, прогневали богов, и те обрушили город в пропасть. Как бы подтверждая эти легенды, музеи в результате археологических раскопок пополнялись все новыми и новыми экспонатами. Вот высеченная из камня голова жреца, женские украшения, доски с изображениями жертвенных животных и, наконец, иероглифы, не расшифрованные до сих пор.
До середины 1960-х годов ученые считали, что Мохенджо-Даро не имел укреплений, хотя за 15 лет до этого английский археолог М. Уилер расчистил сооружения, которые можно было бы принять за оборонительные. Цитадель, располагавшаяся в центре Мохенджо-Даро, когда-то была обнесена мощными крепостными стенами толщиной 9 метров. Но полной уверенности в том, что это оборонительные укрепления, у археологов не было. Дальнейшие раскопки показали, что в южной части города тоже была массивная стена, сложенная из кирпича-сырца и облицованная обожженным кирпичом. Но не было установлено, для чего она предназначалась: для защиты от врагов или же для охраны города от наводнений.