Весной 1906 года Сосэки написал небольшую повесть «Мальчуган». Она до сих пор очень популярна в Японии. «Мальчуган» (боттян) стал нарицательным словом для пылкого молодого человека, который всегда готов постоять за правду, не заботясь о последствиях. Осенью того же года писатель создал небольшую романтическую повесть «В дороге». Он развил в ней свое эстетическое учение о красоте, противопоставив его утилитарным идеалам своего времени. Все три его ранних произведения: «Ваш покорный слуга кот», «Мальчуган» и «В дороге» – резко отличаются друг от друга по своему жанру, содержанию и стилю, «Ваш покорный слуга кот» – сатирическая повесть, «Мальчуган» – бытовая, полная юмора реалистическая повесть, повесть «В дороге» написана в романтической манере. В позднейших произведениях Сосэки юмор и романтизм исчезают.
Роман «Сансиро» (собственное имя), написанный в 1908 году, – новая веха в творчестве Нацумэ. Писатель внимательно анализирует разъеденный рефлексией душевный мир современного японского интеллигента, неспособного к действию, изучает его, как врач больного. Но единственное, что может ему предложить писатель, – это точный диагноз болезни. «Его героем стал человек, – говорит академик Конрад в своем предисловии к роману „Сердце“, – перед которым открылось многое, который знает много, серьезно и глубоко думает, но не знает, как ему жить… который стоит „у врат царства“ и знает, что ему не открыть их, но в то же время не может отойти от них назад».
К психологическим романам этого типа, рисующим типичные образы интеллигентов, относятся также «Затем» (1909), «Врата» (1910) и «Сердце» (1914).
Нацумэ Сосэки долгие годы страдал от язвы желудка. Уже в повести «Ваш покорный слуга кот» он изображает себя тяжело больным человеком.
В 1910 году он чуть не погиб от внутреннего кровотечения. Сосэки говорит в своих воспоминаниях: «Передо мною то и дело появлялся образ Достоевского. В моем воображении отчетливо возникали холодное небо, новый эшафот и на этом эшафоте фигура Достоевского, дрожавшего в одной рубашке…» В эти дни, по словам Сосэки, он смог до конца постичь то, что пережил на эшафоте Достоевский: ужас смерти и радость возвращения к жизни. Сосэки любил Достоевского и ясно ощущал свою духовную близость к нему.
В 1916 году Нацумэ Сосэки начал писать свое последнее большое произведение «Свет и тьма». Герои романа погружены во тьму, они отравлены собственным эгоизмом, но писатель хотел показать, как из мрака отчаяния они ищут дорогу к свету. Он хотел показать, что такую дорогу можно найти. Нацумэ Сосэки не дописал роман. 9 декабря 1916 года он скончался.