В течение многих лет Уайна-Капак стоял во главе профессиональной армии империи, которая воевала с племенами на ее северных границах, в Пасто и Попаяне в Колумбии. Борьба была упорной, и военная кампания затягивалась. Инка и его приближенные давно уже не жили в Куско, столице империи, и Уайна-Капак подумывал о том, чтобы создать вторую столицу на севере, в Кито или Томебамбе. Именно во время этой военной кампании Уайна-Капаку впервые донесли о появлении высоких чужестранцев с моря. Но ему не было суждено увидеть европейцев. Его армию и двор внезапно охватила сильная эпидемия, и Уайна-Капак умер в горячечном бреду в период между 1525-м и 1527 годом. Возможно, болезнью была малярия, но могла быть и оспа. Испанцы привезли с собой оспу из Европы, и она неудержимо распространилась по Карибскому бассейну среди народов, не имевших к ней иммунитета. Она легко могла передаваться от племени к племени по всей Колумбии и настичь армию инков задолго до того, как сами испанцы приплыли к побережью. Эпидемия скосила большую часть приближенных Инки. В их число попал и вероятный наследник Уайна-Капака Нинан Куйучи. «Умерло и простого народа без счета».
Преждевременная смерть Великого Инки Уайна-Капака и его наследника создала неопределенную ситуацию. Наиболее вероятным преемником был сын Инки Уаскар, который принял бразды правления в столице Куско. Другой сын, Атауальпа, остался во главе имперской армии в Кито. Вероятно, он исполнял обязанности губернатора этой провинции от имени своего брата, хотя некоторые летописцы отметили, что умирающий Инка решил разделить огромную империю на две части, одну со столицей в Куско, а другую – в Кито. Мы никогда не узнаем правду о том, каким в действительности было завещание Инки. Известно лишь, что после нескольких лет спокойной жизни между двумя братьями вспыхнула междоусобная война. Некоторые испанцы вели в этом походе путевые заметки и дали различные объяснения причин этого конфликта в зависимости от личных симпатий тех местных жителей, которые их информировали. Будучи европейцами, испанцы изо всех сил старались доискаться, притязания кого из братьев, Уаскара или Атауальпы, на трон были самыми «законными». Но это было бесполезно, так как для инков право первородства не имело значения. Для них было важно только, чтобы новый Инка был королевской крови и мог править. Если старший или любимый сын, назначенный наследником, оказывался слабым или неспособным к управлению государством, то в ходе междоусобной войны или дворцового переворота его вскоре смещал более агрессивный брат. Большинство из 11 Инков, которые правили страной до этого времени, пришли к власти только после некоторой борьбы, в результате чего выдающиеся правители сменяли один другого.