Вскоре, после весьма краткосрочного положительного эффекта, стали сказываться заложенные в совнархозовской реформе неизбежные противоречия. В конечном итоге она привела к усилению региональной бюрократии, росту местного хозяйственного сепаратизма и неуправляемости народно-хозяйственного комплекса страны в целом. Общенациональный механизм управления экономикой резко усложнился, а его эффективность – стремительно падала. По своей сути, совершенное Хрущёвым имело революционный размах, но совершенно иную направленность. Вся сталинская политика 1930-х годов (в том числе осуществлявшиеся Сталиным репрессии) была направлена на слом местных и национальных номенклатурных кланов. В этот период для того, чтобы преодолеть ужас и остаточный хаос Гражданской войны, Россия заплатила страшную цену – десятки тысяч исковерканных судеб и тысячи прерванных жизней. И вот теперь все эти жертвы теряли своей смысл, страна отбрасывалась на 2–3 десятилетия назад.
Неразбериха в экономике вела к усилению преступности. Но это мало заботило Хрущёва. Разрушения единой народно-хозяйственной системы СССР ему показалось недостаточно. Был нанесен удар и по другим важнейшим государственным системам. Все под тем же соусом демократизации в 1956 году было ликвидировано союзное Министерство юстиции, а в 1960 году – союзное Министерство внутренних дел, что усложнило координацию органов правопорядка союзных республик. Столь же надуманной и откровенно вредной реформе подверглись также суды. Здесь основной линией децентрализации была избрана передача функций общесоюзных судебных органов в республики.
Завершающий виток хрущевских преобразований в области системы органов власти и управления приходится на 1962–1964 годы. Первоначально реформы этих лет были направлены исключительно на преодоление трудностей в развитии сельского хозяйства за счет усиления контроля над зерновым производством со стороны партийного аппарата (уж партаппарат бы точно повысил урожайность – спору нет! Сам бы в поле пахать вышел!). Однако очень скоро начатые реформы выйдут далеко за первоначально предполагавшиеся рамки и захватят в свою орбиту всю структуру социально-экономической жизни. Как указывает ряд современных исследователей, именно реформы 1962–1964 годов наиболее глубоко выявили все те неустойчивые и спонтанные подходы, которые были столь свойственны хрущевскому стилю руководства. Сутью проводившихся в этот период изменений в сфере управления становится попытка перестройки советских, партийных, профсоюзных и комсомольских органов по производственному принципу.