Провал миссии Микояна был чреват распространением волнений на соседние города и рабочие поселки. И власть сделала свой выбор: в городе объявлялось чрезвычайное положение. Против рабочих Новочеркасска были брошены войска, на улицах города загромыхали танки. Расстрел рабочих повлек большие жертвы. Погибло много детей – очевидцы рассказывают, что первый залп был дан поверх толпы, и он пришелся по деревьям, на которых сидели мальчишки, наблюдавшие за не виданным никогда прежде зрелищем. Наиболее активных участников новочеркасского восстания подконтрольные режиму суды приговорили к высшей мере наказания и длительным срокам заключения, причем, по авторитетному свидетельству Козлова и Мардарь, не обошлось без подтасовок и грубейших фальсификаций.
Слухи о Новочеркасском расстреле потрясли всю страну и не смолкали еще долгие годы. Другие подобные инциденты хрущевского времени были известны не так хорошо, но теперь, когда пелена секретности спала, стало ясно, что событиями в этом городе география массовых выступлений тех лет не ограничивается. Многие из них происходили еще до восстания рабочих и жителей Новочеркасска. Причины их были самыми разнообразными. Большинство из них возникало также на социально-экономической почве. Так, крупное восстание, подавленное вооруженным путем, произошло в 1959 года в Темир-Тау. В его основе лежали недостатки целинной кампании, когда людей бросали в чистое поле и заставляли работать без всяких бытовых условий. В 1961 году прошли выступления в Краснодаре, Муроме и Александрове. В 1961 и 1963 годах массовые выступления прогремели в городе Кривой Рог под Днепропетровском. По рассказам одного очевидца, в зимние месяцы после денежной реформы 1961 года проходившего производственную практику в городе Кировограде, там недовольство населения также выплеснулось на улицы: множество домохозяек с колясками и малолетними детьми блокировало подходы к зданиям органов власти с требованиями предоставить им возможность приобретать детское питание, хотя бы молоко и манную крупу. По другим сведениям, нечто подобное разгневанные женщины устроили и в Кишиневе, возможно, и в некоторых других городах юга.
Значительная часть прочих выступлений, к примеру, в июле 1960 года в Джегитаре, в августе 1958 года и апреле 1964 года в Чечне и др., стали следствием непоследовательной национальной политики Хрущёва.