В феврале 1954 г. 1817-й МТАП был передан из 2-й гв. МТАД в состав 688-й МТАД (бывшей 13-й АДПБ) ВВС ЧФ, но уже в марте 1955 г. он ненадолго вернулся в состав 2-й гв. МТАД.
В апреле 1955 г. 1817-й МТАД переименовали в 981-й МТАП, а в августа опять вернули в 141-ю МТАД (бывшую 688-ю МТАД) ВВС ЧФ, с базированием на аэродроме Веселое.
В 1957 г. 2-я гв. МТАД, составом 13-го гв. МТАП и 942-го МТАП (бывшего 1675-го МТАП), базировалась на аэродроме Саки.
В марте 1958 г. в дивизию опять вернулся 981-й МТАП, который оставался в ее составе вплоть до своего расформирования в середине 1960 г.
В августе 1958 г. в состав дивизии вошел 819-й гв. БАП, принятый в Авиацию флота из 48-й воздушной армии Одесского военного округа.
27 марта 1960 г. в рамках «дальнейшего значительного сокращения Вооруженных Сил» 2-я гв. МТАД на аэродроме Саки была расформирована, а ее полки стали отдельными частями, подчинявшимися непосредственно командующему Авиацией Черноморского флота.
В 1971 г. 2-я гвардейская морская ракетоносная Севастопольская авиадивизия им. Н.А. Токарева была вновь сформирована на аэродроме Гвардейское. В нее включили 5-й гв. МРАП, 124-й МРАП и 943-й МРАП. Такой состав дивизии оставался неизменным до 1990 г.
В 1987 г. произошел международный инцидент, в котором три Ту-16 из состава 2-й гв. МРАД, выполняя вылет в Средиземное море на боевую службу с аэродрома в Болгарии, нарушили воздушное пространство Греции и Турции. За этот инцидент был снят с должности командир дивизии полковник Н.И. Осипов.
В 1990 г. был расформирован 124-й МРАП, базировавшийся на аэродроме Гвардейское. Он был вооружен устаревшими ракетоносцами Ту-16к-10.
15 декабря 1994 г. на основании директивы Главного штаба ВМФ РФ от 21 апреля 1994 г. управление 2-й гв. МРАД на аэродроме Гвардейское и 5-го гв. МРАП на аэродроме Веселое были окончательно расформированы. Уцелевший 943-й МРАП стал на некоторое время отдельным полком, но и он в 1996 г. был расформирован. На этом морская ракетоносная авиация на Черном море прекратила свое существование.
Несколько слов стоит сказать о 13-м гвардейском минно-торпедном полку. 9 мая 1945 г. он встретил, имея на вооружении 27 бомбардировщиков А-20G «Бостон», базировавшихся на аэродром Саки. В 1946 г. полк был перевооружен на самолеты Ту -2т.