Для несения службы Бе-10 использовались лишь эпизодически. Тем не менее имели место катастрофы. Так, 26 мая 1961 г. на разбеге самолет резко увеличил угол атаки, на малой скорости оторвался от воды, потеряв управление, ударился о воду и разломился. Разлившееся по поде топливо загорелось. Летчик И.А. Занин и штурман Б.А. Головченко погибли, а стрелка-радиста подобрал катер. В 318-м ОМПЛАП также произошло три катастрофы, после которых недоверие к самолету резко возросло.
В итоге после 1964 г. на Бе-10 летать перестали. Они состояли на вооружении до 1968 г., а в 1968–1970 гг. были утилизированы.
Последним советским гидросамолетом (самолетом-амфибией) стал Бе-12.
Приказом Минобороны СССР от 29 ноября 1965 г. противолодочный самолет-амфибия Бе-12 был принят на вооружение морской авиации. До 1972 г. построили 142 самолета, преимущественно в противолодочном варианте. Крейсерская скорость Бе-12 составляла 440 км/ч, дальность – до 2700 км.
Первые два Бе-12 поступили в Очаков в мае 1965 г., и через два месяца 318-й ОМПЛАП дальнего действия ВМФ ЧФ приступил к переучиванию на новые машины. Переучивание происходило на аэродроме Евпаторийского АРЗ с грунтовой взлетно-посадочной полосы, а с 1966 г. – на аэродроме Саки. Сначала переучилась 3-я эскадрилья, в 1965–1966 гг. – 2-я, а в 1969–1970 гг. – и 3-я эскадрилья.
14 мая 1966 г. с Бе-12 310-го ОПЛАП дальнего действия было выполнено первое практическое торпедометание торпедой АТ -1.
Осенью 1968 г. полк перебазировался на свой аэродром Донузлав, где была построена бетонная ВПП длиной 1500 м и шириной 32 м.
19 августа 1968 г. три самолета Бе-12 из состава 318-го полка, проследовав по воздушной трассе через Венгрию и Югославию, выполнили посадку на аэродроме Каир-Вест и вошли в состав 90-й отдельной дальнеразведывательной авиаэскадрильи особого назначения. Позже их перебазировали на аэродром небольшого курортного городка Мерса-Матрух на побережье. Так Бе-12 стали первыми самолетами морской авиации, которые приступили к поиску подводных лодок в Средиземном море.
Из-за ограниченности поставок радиогидроакустических буев и их дороговизны противолодочные самолеты вылеты на поиск подводных лодок по плану боевой службы выполняли небольшими тактическими группами, используя для первичного обнаружения магнитометры.