Наши адмиралы почему-то не поняли, что использование таких больших самолетов в качестве торпедоносцев может иметь успех только в борьбе с конвоями торговых судов, не имеющими авиационного прикрытия.
Ту-16 т нашли широкое применение в Черноморском флоте. В апреле 1956 г. они поступили в 5-й МТАП, в июне – в 124-й МТАП, а в мае 1957 г. – в 943-й МТАП.
В июне 1959 г. в 943-м МТАП состоялось показательное торпедометание. В учении принимали участие три Ту-16 т с нагрузкой по шесть циркулирующих торпед 45—54ВТ. В каждом вылете их сбрасывали с одного захода. Прицеливание производилось без использования автоматики бомбардировочных прицелов. Всего на учениях было сброшено 54 торпеды.
Как писал А.М. Артемьев: «Это последнее исследовательское учение с применением циркулирующих торпед. Выводы по итогам учения заслуживают, чтобы их привести:
“Самолет Ту-17 т с прицельным оборудованием можно применять для нанесения ударов по кораблям в море. Эффективность применения торпед не зависит от скорости цели. Средняя площадь накрытия при сбрасывании 18 торпед составляет 970 × 1900 м>2. Ни само учение, ни столь глубокомысленные выводы уже не представляли интереса и использовались лишь для кандидатских диссертаций”»[3].
Самолет Ту-16 т стал последним торпедоносцем советского ВМФ. Хотя неугомонные адмиралы настаивали на создании еще более тяжелого торпедоносца на базе четырехмоторного стратегического бомбардировщика М-6 конструкции В.М. Мясищева.
В сентябре 1958 г. после расформирования 141-й МТАД 943-й МТАП ДД вошел в состав 88-й МТАД ВВС ЧФ.
После расформирования 88-й МТАД и в связи с преобразованием МТА ВВС ВМФ в морскую ракетоносную авиацию, на основании приказа Министерства обороны СССР № 0028 от 20 марта 1961 г. и приказом главкома ВМФ № 048 от 13 апреля 1961 г., с 1 мая 1961 г. 943-й МТАП ДД стал именоваться 943-м отдельным морским ракетоносным авиационным полком.
В 1959–1961 гг. 943-й МТАП ДД был перевооружен на Ту-16кс. Перевооружение полка происходило на аэродроме Гвардейское на базе 124-го МТАП. В 1960 г. для отработки практических пусков ракет был сформирован 120-й отдельный истребительный авиаотряд (ОИАО) специального назначения, вооруженный самолетами СДК-7. В январе 1961 г. отряд расформировали, а вместо него в штат полка включили истребительное авиазвено. После окончания освоения экипажами полка ракетной системы звено было расформировано.