Специалистов удивило несоответствие пометок от пуль на пальто Ленина с местами его ранения. Когда же сравнили пули, извлеченные при операции Ленина в 1922 году и при бальзамировании тела вождя в 1924-м, выяснилось, что они не из одного пистолета. Из материалов следственного дела следует, что пистолетов было два: браунинг принес в ВЧК рабочий фабрики, слушавший выступление Ленина, через три дня после покушения; судьба второго неизвестна. Более того, нет точных доказательств, что он вообще был.
В последние годы исследователи пришли к заключению, что и опасность ранения Ленина, представленная в описаниях врачей той поры, была преувеличена: он самостоятельно поднялся по крутой лестнице на третий этаж и лег в постель. Через день, 1 сентября, те же врачи признали его состояние удовлетворительным, а еще через день вождь поднялся с постели.
Непонятно и другое: почему не дали завершиться следствию? Каплан была расстреляна 3 сентября 1918 года по личному указанию главы государства Я. М. Свердлова.
Батулин, задержавший Каплан 30 августа в заводском дворе, где прозвучали выстрелы в Ленина, в первом варианте показаний заявил, что, когда от выстрелов люди стали разбегаться, он заметил женщину, которая вела себя странно. На его вопрос, зачем она здесь и кто она, Каплан ответила: «Это сделала не я». Во втором варианте показаний, написанных 5 сентября, уже после того как газеты оповестили о расстреле Каплан, Батулин признал, что не слышал выстрелов, полагая, что это обычные моторные хлопки, что человека, стрелявшего в Ленина, он не видел. Но он побежал, как все, и увидел у дерева женщину с портфелем и зонтиком в руках. «Я спросил эту женщину, зачем она сюда попала. На эти слова она ответила: „А зачем вам это нужно?“ Тогда, обыскав ее карманы и взяв ее портфель и зонтик, предложил ей идти за мной. По дороге я ее спросил, чуя в ней лицо, покушавшееся на тов. Ленина: „Зачем вы стреляли в тов. Ленина?“ – на что она ответила: „Зачем вам это нужно знать?“ – что меня окончательно убедило в покушении этой женщины на тов. Ленина».
Подобные «свидетельства», дополненные путаными признаниями Каплан (часть протоколов ее допросов ею не подписана, графологической экспертизы не было проведено, и непонятно, кто писал протоколы «признаний»), вызывают сомнения в том, что стреляла именно она.