Все искушения отец Серафим победил молитвою, именем Христовым и знамением крестным и некоторое время наслаждался миром. Между тем отец Серафим получил предложение быть настоятелем Алатырского монастыря, с возведением в сан архимандрита. Он отказался, отказался по смирению и от другого такого же предложения. Известно, что смирение есть венец добродетелей, как бы цемент, скрепляющий все добродетели. Ничто так не ручается за верный путь спасения, ничто так не страшит и не посрамляет врага, как смирение. Смирением победил и Христос злобу его, так как то, чем искушал и искусил враг первого человека, «будете, яко боги» – то самое путем смирения совершил Христос: сойдя на землю и став Человеком, Он обожествил человека и влил в него пролитую за него Божественную кровь Свою.
Не терпя великого смирения отца Серафима, враг еще лютее ополчился на него: он воздвиг в душе его так называемую мысленную брань. Для победы в этой страшной, роковой, ожесточенной борьбе старец решился предпринять новый подвиг, на который в древности решались весьма немногие подвижники и который казался невыносимо тяжек в последующие времена. То было столпничество.
На полпути от келии к монастырю лежала громадная гранитная скала. На эту скалу отец Серафим стал всходить при наступлении всякой ночи. Он молился или на коленях, или стоя на ногах, воздев руки вверх и взывая словами молитвы мытаря: Боже, милостив буди мне грешному! В келии своей он поставил другой небольшой камень, и в том же положении молился на нем весь день, сходя с него только для краткого отдыха и принятия пищи. В этом великом подвиге провел он тысячу дней и тысячу ночей. Враг был окончательно побежден. Но от этого почти трехлетнего непрерывного стояния опять открылась у старца болезнь в ногах, которая была в первое время пустыннической жизни его. Болезнь эта не проходила более до самой кончины отца Серафима. Дивный подвижник сумел скрыть свое тысячедневное и тысяченощное моление. Впоследствии от Тамбовского архиерея был тайный запрос об отце Серафиме игумену Нифонту. Сохранился отзыв Нифонта, в котором он пишет: «О подвигах и жизни отца Серафима мы знаем. О тайных же действиях каких, также и о стоянии 1000 дней и ночей на камне никому не было известно». Лишь незадолго до кончины своей, по примеру многих других праведников, открывая некоторые обстоятельства своей жизни, великий старец поведал об этом молении некоторым из Саровской братии. Один из слушателей заметил тогда, что подвиг этот выше сил человеческих.