Перед смертью в 1560 г. король Густав Ваза передал королевский титул старшему сыну Эрику, а остальным сыновьям дал крупные уделы (герцогства). Юхан получил Финляндию, Магнус – Восточную Готландию, а Карл – Зюдерманландию. При этом все герцоги должны были приносить присягу на верность своему старшему брату, который после смерти отца вступил на престол под именем Эйрика XIV.
Так впервые появился термин «герцогство Финляндское». Герцог получил право от имени короля решать все дела Финляндии по своему усмотрению, командовать финскими войсками, отражать нападения, блюсти границу и расширять территорию своих владений.
Финский язык, не имевший письменности, при шведах был языком крестьян и беднейших горожан. Первая книга на финском языке – «Азбука» – была издала в Германии в 1538 г. В ней приводился финский алфавит и краткие указания о произношении буквенных обозначений, а также азбучные постулаты христианства. В 1548 г. на финский язык был переведен «Новый Завет».
Герцог Юхан женился на дочери польского короля Сигизмунда I Екатерине и начал проявлять сепаратистские тенденции. В результате Эрик XIV отправил в Финляндию королевские войска. 12 августа 1563 г. Юхан был вынужден сдаться, его заточили в башне Грипсгольского замка. Свободу Юхан получил в 1567 г., а уже в сентябре 1568 г. вместе с братом Карлом сверг Эрика с престола и сам стал королем под именем Юхана III.
Новый король в 1581 г. вновь дал Финляндии статус Великого княжества и прибавил к своему титулу короля Швеции титул великого князя Финляндии. Финляндия снова стала автономной областью Шведского королевства. Юхан утвердил герб Финляндского княжества, существующий и поныне как государственный герб Финляндии. Любопытно, что этот герб символизирует Финляндию как победителя в борьбе Запада с Востоком. Лев держит в лапе меч западного образца и попирает лапами изогнутый меч Востока.
После Столбовского мира увеличилось число шведских дворян, переселившихся в Финляндию и Ингерманландию, так шведы называли земли, захваченные в 1610–1619 гг. Население Финляндии было поставлено в неравноправное положение по сравнению с населением Швеции. Финляндия выставляла с каждой сотни жителей в два раза больше рекрутов для пополнения армии, чем Швеция. Все административные должности в Финляндии по-прежнему занимали шведы.