В результате неблагонадежный батальон был разоружен, расформирован. Моряков же под конвоем отправили в Гельсингфорс на главную базу Балтийского флота. После разбирательств, многих моряков арестовали. А Павел Ефимович «заболев», на два месяца лег в госпиталь. И только после выписки его все-таки арестовали и приговорили к двум месяцам тюремного заключения.
С лета 1916 года унтер-офицер Дыбенко, как ни в чем не бывало, служил на транспортном судне все в том же Гельсингфорсе.
Во всех биографиях Дыбенко называют участником Февральской революции 1917 года в Петрограде. В марте в Гельсингфорсе его избирают членом Совета рабочих и солдатских депутатов, куда входили и матросы. В конце апреля он является одним из организаторов Центробалта. В мае 1917-го на транспорте «Виола» он избирается председателем ЦК Балтийского флота, являясь одним из шести большевиков (и еще пятеро им сочувствовали) в составе 33 членов ЦК этого высшего выборного органа матросских коллективов.
2 мая Дыбенко избирают председателем делегации 1-го съезда моряков Балтфлота (25 мая – 15 июня), где он выступил содокладчиком по вопросу «О взаимоотношениях Центробалта со штабом флота» по которому съезд принял предложенную Дыбенко резолюцию: Центробалту предоставлялось право контролировать деятельность командующего и его штаба. На полученном приказе командующего флотом Д. Н. Вердеревского о сформировании шести матросских батальонов для участия в готовящемся июньском наступлении на фронте Дыбенко написал резолюцию: «Ввиду недостатка специалистов на кораблях и угрозы наступления немецкого флота ни один матрос, верный революции, не может покинуть корабль… Тот, кто добровольно покинет корабль, исключается из списков флота и считается дезорганизатором последнего».
Именно Павел Ефимович добился принятия устава, в котором говорилось, что Центробалт (ЦКБФ) признает Временное правительство, но все распоряжения командования флота исполняются исключительно с разрешения Центробалта. В устав было записано: «Отказываясь от предварительного контроля операций, ЦКБФ оставляет за собой право контролировать оперативные действия после их свершения…»
Как отмечает Л. Млечин, «Временному правительству пришлось смириться с самостоятельностью Центробалта, потому что балтийские моряки были мощной силой, с которой никто не рисковал ссориться. Сухопутные войска сражались на фронте, далеко от Петрограда, а балтийцы были рядом, разгуливали по столице, и правительство понимало, что лучше иметь их в союзниках.