Благодаря упорному труду, его новая больница постепенно превратилась в комплекс из 70 зданий, в ее штат входили врачи и медсестры из числа добровольцев. К началу шестидесятых годов в больнице Швейцера размещалось 500 человек. Самые суровые критики признавали, что в больнице Швейцера соблюдались строжайшие правила антисептики и что уровень хирургии здесь был высокий.
В 1953 году ученый находился в Ламбарене, когда пришла весть о присуждении ему Нобелевской премии мира. Швейцер не мог оставить своих обязанностей в Африке, чтобы присутствовать на церемонии награждения, поэтому премию принял французский посол в Норвегии.
На деньги, полученные от Нобелевского комитета, Швейцер построил недалеко от больницы в Ламбарене лепрозорий.
«Мое глубокое убеждение заключается в том, – заявил Швейцер, – что мы должны отвергнуть войну по этическим мотивам, ибо она возлагает на нас вину за преступление бесчеловечности». Как единственный оригинальный момент своей речи, Швейцер отмечал лежащую в ее основе оптимистическую убежденность в том, что дух в наш век способен создать этическое мышление.
Всего за несколько дней до кончины, уже совсем непослушной рукой, Швейцер подписал обращение лауреатов Нобелевской премии к главам правительств крупнейших государств с требованием немедленно прекратить преступную войну во Вьетнаме.
Швейцер скончался в Ламбарене 4 сентября 1965 года, его похоронили рядом с женой, умершей в 1957 году. Руководство больницей перешло к их дочери.