В 1683–1685 годах из приятелей и добровольцев организуются два полка, поселенные в селах Преображенском и соседнем Семеновском. Они в будущем стали настоящими военными подразделениями – Семеновским и Преображенским полками – основой гвардии Петра. Их выучкой занимались иностранные офицеры, и сам Петр прошел все солдатские чины начиная с барабанщика.
27 января 1689 года, раньше достижения семнадцатилетия, Петр женился на Е. Ф. Лопухиной, дочери мелкопоместного дворянина. Вслед за ней потянулись ко двору многочисленные родственники.
Участие Петра в государственных делах ограничивалось, во время регентства Софьи, лишь присутствием при торжественных церемониях. Но по мере того как брат подрастал, Софья все больше тревожилась за свою власть и стала принимать меры для ее сохранения.
В ночь на 8 августа 1689 года Петр был разбужен в Преображенском страшной вестью: сестра подняла против него стрельцов. Он, как был в ночной рубашке, сел на коня и ускакал в ближайший лес, а оттуда в Троице-Сергиеву лавру. С того же времени у него появился нервный тик и судороги, которые время от времени перекашивали лицо и сотрясали тело.
Придя в себя, Петр жестоко подавил восстание. Царевну Софью сослали в Новодевичий монастырь, наиболее активных ее сторонников казнили, а остальных отправили на вечную каторгу.
Иван правил лишь номинально, а фактически власть перешла к партии Петра.
Центром разгульной жизни Петра становится дом его любимца, Лефорта, в Немецкой слободе. На балах Лефорта Петр «научился танцевать по-польски». Сын датского комиссара Бутенант учил его фехтованию и верховой езде, голландец Виниус – практике голландского языка.
В 1695 году Россия начала войну с Турцией за выход в Черное море. Однако, не имея флота, русские так и не смогли одержать победу. Поэтому Петр организовал строительство кораблей под Воронежем. За короткое время была построена флотилия из разных судов во главе с 36-пушечным кораблем «Апостол Петр». В июне 1696 года этот флот вышел в Азовское море и блокировал Азов. Так был открыт первый выход России в южные моря.
С 1696 года, после смерти брата Ивана, Петр становится единодержавным царем России. В этом же году он наконец побывал в Западной Европе.
В январе 1698 года Петр поехал в Англию для расширения своих морских познаний и оставался там три с половиной месяца, работая преимущественно на верфи в Дептфорде. Здесь он побывал на литейном заводе и в арсенале, осматривал госпитали, монетный двор с целью применить все это в России, занимался математикой, посещал парламент и Оксфордский университет, заходил в разные мастерские. Не теряя времени, он нанимал здесь мастеров для работы в России.