По указу царя Михаила Федоровича: «На том месте отцу нашему патриарху Филарету по его обещанию создати монастырь, а в нем храм воздвигнути во имя преподобного отца нашего Феодора Студийского». Главный престол храма посвящался Смоленской иконе Божьей Матери, с ее заступничеством связывал Филарет свой подвиг у Смоленска, где не подписал унизительный договор.
Спустя год по указу на этот раз самого «великого государя святейшего патриарха Филарета» было велено в монастыре «за Микицкими вортами» иконописцу Назарию Истомину написать «двери царские, да местные образы, да деисусы, да образ Пречистыя Богородицы запрестольныя, да крест запрестольный на золоте».
Судьба Федора Романовича напоминает судьбу настоятеля Студийского монастыря. Федора Студита изгоняли из монастыря и возвращали в обитель, заключали в темницу, ссылали на острова, а после освобождения встречали всем народом в Константинополе как мученика и чудотворца.
Так, волею основателя династии Романовых возник в Москве на дороге, ставшей Большой Никитской улицей, женский Никитский монастырь. А там, где улица уходила за стены Белого города, его сын патриарх Филарет основал мужской Федоровский монастырь.
Судьба монастырей печальна. Старинная стена келий Никитского монастыря тянулась вдоль Большой Никитской улицы. Кельи возвел архитектор князь Дмитрий Ухтомский при Елизавете Петровне. За стеной теснились храмы. Собор Никиты Великомученика появился в 1554 году. Церковь Дмитрия Солунского датировалась 1625 годом.
После пожара 1812 года в Никитском монастыре сохранились целыми две иконы. Все сгорело в огне пожара или разграбили французы. Как ни трудно было, но этот московский монастырь в отличие от других, сгоревших и разграбленных, возродили в силу «его древности и особого значения», связанного с именем Романовых.
Никитский монастырь соседствовал со зданиями Московского университета. Иван Гончаров, автор «Обломова», запомнил тот день, когда увидел в соборе монастыря Пушкина. Узнав о его гибели, студенты собрались, заказали хор певчих, свечи для полного освещения собора, но полиция не позволила отслужить панихиду.
Лев Толстой в «Анне Карениной», говоря о прогулке Константина Левина, писал, что «слепая стена монастыря, мимо которой, свистя, шел мальчик, и извозчик ехал ему навстречу в санях, почему-то осталась в его памяти».