Как это ни покажется странным, удача сопутствовала Ильину в основном по причине лубянских подковёрных интриг, противостояния между председателем КГБ Юрием Андроповым и его заместителем Семёном Цвигуном. Именно он как куратор военной контрразведки первым получил сигнал о дезертирстве Ильина и его прибытии в столицу.
20 января младший лейтенант Виктор Ильин заступил на дежурство по части, дислоцированной в окрестностях г. Ломоносов Ленинградской области. В 7.45 утра следующего дня сослуживцы видели его в последний раз.
Поиски исчезнувшего офицера, прихватившего из сейфа два пистолета «Макаров» и четыре снаряженных обоймы, начались 21 января 1969 года в 11.00. Тогда же о происшествии был проинформирован Особый отдел военной контрразведки, в ведении которого находился объект, где проходил службу беглец.
По тревоге были подняты офицеры части, из них сформировали две поисковые группы, одна из которых начала прочёсывать лес в округе, а вторая выехала в Ленинград, где на Васильевском острове по улице Наличной совместно с приёмной матерью Александрой Васильевной проживал Ильин.
Для ориентирования милицейских постов там изъяли фотографии Виктора, а также несколько его дневников. В них могли содержаться записи, которые помогли бы прояснить ситуацию.
Внимание поисковиков привлекла фраза на последней странице дневника: «Всё! Завтра прибывают. Надо ехать в Москву!» Стало ясно, в каком направлении вести поиск беглеца.
Начальник Особого отдела КГБ той части, где служил Ильин, не имел должностных полномочий информировать о происшествии Москву, поэтому подробный доклад он представил в Управление Особых отделов КГБ СССР по Ленинградской области (УОО КГБ СССР по ЛО). Одновременно группа военных контрразведчиков выехала в аэропорт Пулково, где обнаружила корешок билета, принадлежавшего пассажиру по фамилии «Ильин», в 11.40 убывшего в Москву рейсом № 92.
Но сомнения оставались: уж больно распространенная фамилия. Тот ли это «Ильин»? Поэтому решено было дождаться возвращения «борта» из столицы, чтобы опросить экипаж.
Для подстраховки начальник Управления Особых отделов поставил в известность о происшествии и предпринимаемых мерах Центр, направив в КГБ СССР шифртелеграмму линейному куратору:
Шифртелеграмма №-039 от 21.01.69 г.