Противоречили легенде о Всемирном потопе взгляды Феофана на геологические процессы, отвечавшие передовым научным достижениям той эпохи: «С течением времени возникло множество новых гор, многие из них превратились в равнину. Это происходит обычно определенным способом, действием силы вод, которые вымывают внутренние соли и подымают горы, а другие сносят, нажимая на них, а также действием силы ветров, движений земли и иных». И тут Прокопович выступил как прямой предшественник Ломоносова.
Резко критиковали демократы «Духовный регламент», составленный Феофаном. По словам протоиерея Георгия Флоровского, этот «регламент» лишил Церковь независимости, «ибо государство чувствует и считает себя абсолютным. Именно в этом и состоит замысел того „полицейского государства“, которое заводит и утверждает в России Петр».
Церкви определялась роль департамента по делам религии, подчиненного верховной власти. Ослабление влияния Церкви на жизнь общества вряд ли создавало «полицейское государство». И почему речь идет только о России? Будто в других странах власть не основывалась (да и ныне так) на подавлении внутренних врагов.
Нередко Церковь усугубляла репрессии, как это ярко – в свете костров инквизиции! – видно на примере Западной Европы. При всех жестокостях, а то и самодурстве некоторых установлений Петра I быстрый подъем русской науки, философии, культуры в целом доказал верность избранного Феофаном пути. Без этого не было бы на Руси такого великого явления, как творчество Ломоносова, да и общий ход развития науки был бы чрезвычайно замедлен.
Завершилось средневековое господство религиозной мысли. В обществе все более важную роль стали играть наука, техника, образование. Хотя философия оставалась в загоне: государство не было заинтересовано в «вольнодумстве», которое, как представлялось власть имущим, содействует бунтовщикам.
Взгляды Феофана Прокоповича отличались свободомыслием. Каким он представлял себе Бога? «Есть некая невидимая всемогущая сила, ее же Богом называем». В других случаях Всевышний у него предстает как совершеннейший разум, вечная истина, первопричина бытия или даже как порядок природы, неотделимый от нее.
Порой Феофан определенно говорит: «Под природой понимают самого Бога». «Полное определение природы совпадает с Богом относительно природных вещей, в которых Он с необходимостью существует и которые Он движет». По-видимому, материальную природу философ понимал как тело (по примеру человеческого), а Бога – как душу этого тела, определяющую его энергию, жизнь…