Связь царской власти с народом усиливали ее отношения с Церковью. Церковная жизнь в Московском Государстве зиждилась на правильных основах. Низшее духовенство избиралось мирянами. Среди монахов встречались как люди из боярских и княжеских слоев, так и люди из массы народа. Митрополиты, а затем патриархи имели исключительно важное значение. Но центральная власть Церкви в важных случаях действовала соборне. При Василии был созван Собор для изгнания митрополита Исидора, принявшего Флорентийскую унию. В 1551 году был Стоглавый Собор, в 1660 и 1661 годах – по делу патриарха Никона.
Митрополиты и патриархи находились в самом тесном союзе с царской властью. Случай с митрополитом Филиппом не был термальным явлением. Это, конечно, был акт деспотизма Грозного, но твердость митрополита в обличении Царя показывает право церковной власти на обличение государственной власти. Часто церковная власть принимала формы чрезвычайные, как, например, в случае Патриарха Гермогена, когда он стал единственным представителем нации. Так было и при Филарете и одно время и при Никоне. Но в общем отношения были самые тесные, проникнутые сознанием обоюдной необходимости и внутренней дополняемости. Представители Церкви участвовали также в совещаниях с боярами и земскими соборами, а также «печаловались» о всех обиженных и угнетенных.
«За самодержавную власть народ стоял твердо, как скала. Без Царя он не представлял себе своей страны. Народ вынес все казни Грозного, не только без протеста, но даже умел почувствовать в этом царе то, чего и доселе не понимают многие ученые историки и юристы: действительно великого устроителя земли Русской. Царской Верховной Власти народ не изменял с тех пор до сего времени никогда. Попытки явного ограничения самодержавия у нас доселе никогда не удавались» (Л. Тихомиров «Монархическая Государственность»).
Первой трещиной в гармоническом сотрудничестве государства и церкви в Московском Государстве был раскол. Как мы видели самодержавная власть имеет свой источник в вере, ее нравственной основой является вера, оформленная в церкви. И, как раз в этом основном мериле правды появилась рознь. Выходило так, что Церковь как бы раскололась – на одной стороне царская власть, патриарх и верхние служилые слои, а на другой – народ. В. Соловьев по этому поводу говорит: «Дело шло не о тех частных пунктах, которые выставлялись спорящими сторонами, а об одном общем вопросе весьма существенного значения. Чем определяется религиозная истина: решениями ли власти церковной или верностью народа древнему благочестию? Вот вопрос величайшей важности, из-за которого на самом деле произошла жестокая и доселе непримиренная распря между “никонианами” и староверами»