Однако все сложилось иначе, и клятвы своей Хокинс не сдержал. Судьба оставшихся сложилась трагически. Все они за исключением двоих погибли в руках испанской инквизиции.
Несмотря на то что на судне осталась лишь половина команды, на «Миньоне» вскоре начался голод. Вначале англичане съели кошек, потом переловили крыс, наконец настала очередь и любимого Хокинсом попугая. После этого пошли в ход уже кожаные ремни и башмаки. Люди умирали десятками. Голод, цинга и начавшаяся на борту чума почти опустошили «Миньон». Моряков спасло лишь то, что их прибило штормовыми ветрами к испанскому порту Виго и случайно оказавшиеся там английские суда помогли Хокинсу продовольствием. Там же он пополнил и поредевшую команду. Спустя четыре месяца после оставления Сан-Хуан-де-Улоа тяжелобольной Хокинс все же привел «Миньон» в Плимут.
Возможно, что именно тогда, вернувшись домой, молодой Фрэнсис Дрейк и поклялся всю оставшуюся жизнь мстить испанцам за их коварство, а вице-король дон Мартин Энрикес стал отныне его личным врагом. Их пути в свое время еще не раз пересекутся.
До сих пор английские историки не имеют общего мнения относительно поведения Фрэнсиса Дрейка во время возвращения домой. Одни считают, что он смалодушничал и бросил в трудный момент своего начальника на более поврежденном судне, предпочтя спасаться самому. При этом приверженцы данной точки зрения ссылаются на фразу Хокинса из его отчета о плавании: «Юдифь» бросила нас в нашем несчастье». Впрочем, другие историки, которые защищают Дрейка и оправдывают его поведение, ссылаются все на тот же отчет, где тот же Хокинс начертал своей рукой, что Дрейку было приказано подойти к «Миньону» и «забрать людей и необходимые вещи, и он это сделал».
Скорее всего, Дрейк действовал вполне достойно. Ну а фраза о «бросившей в несчастьи “Юдифь”» появилась вследствие того стрессового состояния, в котором находился Хокинс, когда писал свой отчет о плавании.
В пользу этого говорит и итоговый доклад адмиралтейства по расследованию обстоятельств событий Сан-Хуан-де-Улоа, где Дрейку не было предъявлено никаких претензий. Что касается самого Хокинса, то когда он пришел в себя от пережитого, то его добрые и партнерские отношения с Дрейком восстановились и они оставались друзьями всю оставшуюся жизнь.