Часть 5 комментируемой статьи устанавливает, что в течение тридцати дней со дня принятия Правительством Российской Федерации решения о создании ТОСЭР заключается соглашение о создании ТОСЭР. Сторонами такого соглашения выступают публичные органы федеральной, региональной и местной властей, а именно:
1) уполномоченный федеральный орган;
2) высший исполнительный орган государственной власти субъекта Российской Федерации;
3) исполнительно-распорядительный орган муниципального образования или несколько муниципальных органов, если ТОСЭР создается на территориях нескольких муниципальных образований.
В соглашении о создании регулируются наиболее важные вопросы функционирования Территории.
Во-первых, прописываются обязательства высшего исполнительного органа государственной власти субъекта Российской Федерации, обязательства исполнительно-распорядительного органа муниципального образования по передаче управляющей компании в собственность или аренду земельных участков и иных объектов недвижимости, находящихся в государственной или муниципальной собственности и расположенных на Территории, а также полномочий по их управлению и распоряжению.
Во-вторых, определяется порядок финансирования строительства и реконструкции объектов инфраструктуры ТОСЭР за счет различных источников финансирования (средств федерального бюджета, бюджета субъекта Российской Федерации, местного бюджета, внебюджетных источников финансирования) и устанавливается порядок их эксплуатации. Кроме того, устанавливается порядок владения, пользования и распоряжения имуществом, созданным за счет различных источников финансирования и расположенным на Территории, после прекращения ее существования.
В-третьих, соглашение содержит условия предоставления резидентам ТОСЭР налоговых льгот по уплате налогов на имущество организаций, земельного налога, в т. ч. сроки предоставления этих льгот.
В-четвертых, указывается перечень расположенных на Территории земельных участков либо, в случае отсутствия образованных земельных участков, обязательства соответствующей стороны соглашения по их образованию.
Что касается правовой природы соглашения о создании ТОСЭР, то она тяготеет к публично-правовой, т. к. такое соглашение является организационно-управленческим по своей цели и сути, заключается между публичными субъектами в рамках территории, созданной государством.