Действуя одновременно в разных направлениях и не порывая отношений с думской средой, Протопопов сумел проникнуть к царю и заинтересовать его своей стокгольмской беседой, а также – приблизиться к Бадмаеву, с которым свела его болезнь, и к его кружку, где он узнал Распутина и Вырубову.
16 сентября 1916 года Протопопов, неожиданно для всех и несколько неожиданно для самого себя, был, при помощи Распутина, назначен управляющим министерством внутренних дел. Ему сразу же довелось проникнуть в самый «мистический круг» царской семьи, оставив за собой как Думу и прогрессивный блок, из которых он вышел, так и чуждые ему бюрократические круги, для которых он был неприятен, и придворную среду, которая видела в нем выскочку и, со свойственной ей порою вульгарностью языка, окрестила его «балоболкой».
Почувствовав «откровенную преданность» и искреннее обожание к «Хозяину Земли Русской» и его семье, и получив кличку «Калинина» (данную Распутиным), Протопопов, с присущими ему легкомыслием и, манией величия, задался планами спасения России, которая все чаще представлялась ему «царской вотчиной». Он замышлял передать продовольственное дело в министерство внутренних дел, произвести реформу земства и полиции и разрешить еврейский вопрос.
На деле оказалось прежде всего полное незнакомство с ведомством, сказавшееся, например, при посещении Москвы, описанном Челноковым. Протопопов стал управлять министерством, постоянно болея «дипломатическими болезнями», при помощи многочисленных и часто меняющихся товарищей; среди них были неоффициальные, как Курлов, возбуждавший особую к себе и своему прошлому ненависть в общественных кругах. Протопопову, по его словам, «некогда было думать о деле»; он втягивался все более в то, что называлось в его времена «политикой»; будучи «редким гостем в Совете Министров», он был частым гостем Царского Села.
С первого шага, Протопопов возбудил к себе нелюбовь и презрение общественных и правительственных кругов. Отношение Думы сказалось на совещании с членами прогрессивного блока, устроенном 19 октября у Родзянки (см. прил. V в конце книги); но Протопопов, желавший, «чтобы люди имели счастие», и полагавший, что «нельзя гений целого народа поставить в рамки чиновничьей указки», оказался, несмотря на жандармский мундир Плеве, в котором он однажды щегольнул перед думской комиссией, неприемлемым и для бюрократии, увидавшей в нем мечтателя и общественного деятеля, недаром сам Распутин сказал однажды, что Протопопов– «из того же мешка», и что у него, честь тянется, как подвязка.