Много негативного говорили и писали о методах, которыми пользовался Шлиман при проведении раскопок, его часто обвиняли в совершении множества ошибок. И хотя он действительно допустил несколько достойных сожаления грубых ошибок, необходимо отметить, что, ругая Шлимана, критики зачастую не учитывают, что методы проведения раскопок в то время отличались от современных. Будет справедливым напомнить, что до 1876 года очень мало кто на самом деле знал (если вообще были такие люди), как правильно выполнять подобные работы. Тогда не существовало науки археологии в нынешнем понимании этого слова, и, вероятно, более поднаторевшего в полевых археологических работах человека, чем Шлиман, тоже не было. Поначалу археологические экспедиции мало чем отличались от узаконенного грабежа – ведь задача экспедиции сводилась к тому, чтобы найти интересные древние предметы и вывезти их для демонстрации в музее. Внимания на то, что окружало эти предметы, практически не обращалось. Стратиграфический метод исследования только зарождался. Хотя Шлиман и не был безразличен к находкам ценных красивых и интересных предметов, которые подчеркивали важность его предприятия, но он преследовал иную, более сложную цель – поиск исторической информации. Он учился на своих собственных ошибках, причем, как всегда, учился очень быстро. Он был первым, и все те, кто шел за ним, пользовались его опытом. К концу жизни это был обладающий огромным опытом и багажом профессиональных знаний археолог, который мог говорить на равных с любым специалистом. Здравый смысл подсказал ему окружить себя компетентными помощниками и коллегами.
Но даже и без них он добивался потрясающих результатов, например, когда вдвоем со своей юной женой он открыл и расчистил царские шахтовые гробницы в Микенах, где они обнаружили сотни мелких хрупких предметов. Как говорит профессор Дж. Каро: «Никто из тех, кто знает, что такое раскопки, не может не дать высочайшей оценки его достижениям».
К счастью, Шлиман не тянул с публикацией отчетов о своей работе. Первые из этих отчетов, похожие скорее на отрывки из рабочего дневника, были незамысловаты и немного наивны. Однако с первых страниц в них ощущались объективность исследователя и отсутствие вымысла – ясно, что он записывал только то, что видел своими глазами. Честь практического открытия древней Трои и затем открытия ее для мира принадлежит ему, и эта слава завоевана честным трудом.