На втором допросе Байруит решил прибегнуть к более мягким методам воздействия и понял, что это приносит больше результатов, особенно когда он сказал Елизавете, что Кэт Эшли выпустили из Тауэра и она находится под домашним арестом в Вестминстере. В своем донесении лорду-протектору Байруит отмечал, что Елизавета обладает незаурядным умом.
В ходе дальнейших допросов Байруиту удалось уговорить Елизавету подписать заявление, в котором она согласилась подтвердить только то, что миссис Эшли говорила ей о желании Сеймура жениться на ней и что он высказывал такое желание до своего брака с Екатериной Пар и после ее смерти. Елизавета признавала, что она знала о слухах, которые ходили вокруг нее и Сеймура. Она просила лорда-протектора опровергнуть слухи о ее заключении в Тауэр и беременности от Сеймура, ибо «такие слухи не могут распространяться в отношении сестер Его Величества короля, каковой я являюсь».
Седьмого марта, после того как Кэт Эшли в течение шести недель находилась под арестом, Елизавета написала письмо лорду-протектору с просьбой быть милосердным к супругам Эшли. Вскоре они и Перри были освобождены, а вот Томаса Сеймура парламент признал виновным в измене, и 20 марта он был обезглавлен.
Лорд-протектор не надолго пережил своего брата. Летом 1549 года в Корнуолле и Девоне вспыхнули серьезные волнения среди католиков, которые протестовали против засилия протестантов. Одновременно начались выступления в Норфолке, где большинством населения были протестанты, выступавшие против ограждения земель.
Оба восстания были подавлены, но Совет усмотрел в них последствия либеральной политики лорда-протектора, и в октябре лорд Сомерсет был смещен со своего поста и брошен в Тауэр. На его место сел Джон Дадли, граф Уорвик. Через несколько месяцев Сомерсет был освобожден и ему даже вернули его место в Совете. Однако Уорвик просто выжидал, и в январе 1552 года Сомерсет был обвинен в измене и обезглавлен.
На Англию навалилась черная туча католической реакции. Главными проводниками этой политики стали Гардинер и Боннэр, лондонский епископ, который был активным участником казни протестантов во времена правления Генриха VIII.
Но настоящим знаменем католической реакции стала принцесса Мария, дочь Генриха VIII от Екатерины Арагонской. Она была девушкой храброй, упрямой, нетерпимой, неспособной на компромиссы, убежденной, что она всегда права, а ее оппоненты не правы, исполненная решимости отстаивать свое мнение и любой ценой заставить всех согласиться с этим мнением. Фанатичная католичка и несгибаемая консерваторша, она свято верила, что католической церкви и всем традиционным ценностям, которые государство и церковь защищали на протяжении последних веков, угрожает новая религия – протестантство. Религия, которую посланцы Сатаны насаждают по всему христианскому миру.