Центр заговора находился в Кенте, который после Лондона был вторым местом Англии по количеству протестантов. Возглавлял заговор сэр Томас Уайет. Он писал Елизавете и Кортени письма, в которых сообщал о своем плане возведения их на престол. Эти письма были перехвачены шпионами правительства. В их руки попала также переписка заговорщиков с французским послом Нуалем, но они не обнаружили ни одного письма от Елизаветы или Кортени Уайету или французскому послу.
В середине января 1554 года Мария, Гардинер и Ренар имели полное представление о масштабах заговора, но не предпринимали никаких репрессий против участников восстания, чтобы заговорщики чувствовали себя в безопасности и обнаружили все детали и всех участников мятежа.
Двадцать пятого января Уайет и его сторонники выступили в Рочестере. На следующий день Мария написала Елизавете, сообщая о восстании и приказывая ей вернуться ко двору, где она будет в большей безопасности, чем в своих поместьях.
В тот же день Нуаль отправил письмо Генриху II, объясняя, что заговорщики выступили за два месяца до намеченного срока. Посол вложил в это письмо и копию письма Елизаветы королеве. Оно было перехвачено правительственными шпионами. Мария, Гардинер и Ренар могли торжествовать – именно такого доказательства им не хватало.
Становилось очевидным, что, во-первых, французский посол загодя знал о готовящемся заговоре. А во-вторых, он сносился с Елизаветой – иначе откуда он мог получить копию ее письма королеве?
Приближенные Елизаветы ответили на приказ Марии, сообщая, что Елизавета не может ехать в Лондон, так как она заболела. Королева послала к Елизавете двух врачей, которые подтвердили, что принцесса действительно больна.
Тем временем Уайет во главе семи тысяч своих сторонников двинулся на столицу. Он предпринял штурм Ладгейских ворот Лондона, но безуспешно. Он был разбит, захвачен и заключен в тюрьму.
Положение Елизаветы становилось крайне опасным. Восстание Уайета показало Марии, насколько прав был Карл V, советуя ей беспощадно расправиться с мятежниками. В течение недели Джейн Грей, ее муж и ее отец были обезглавлены. Император также советовал Марии заключить Елизавету в Тауэр.
В середине февраля врачи, присланные Марией, сообщили ей, что Елизавета выздоровела настолько, что может ехать ко двору. День, когда принцессу Елизавету отвезли в Лондон, описал Ренар: «Леди Елизавета приехала сюда вчера, одетая во все белое, окруженная большим количеством людей королевы Марии, помимо ее сопровождающих. Она приказала раздвинуть шторы паланкина, в котором ее везли, чтобы народ мог увидеть ее. Лицо принцессы было бледным и напряженным, гордым, неприступным и презрительным – так она старалась скрыть свое волнение».