К недостаткам новой структуры механизма управления можно отнести замкнутость управления советников губернатора исключительно на самого губернатора, что как показывает практика, часто делает не эффективным содержательную коммуникацию, противопоставление таких сфер деятельности, как социальная и территориальная, реального и экономического секторов, разделение управления по сферам деятельности и секторам экономики, разделение экономического сектора и службы по государственному регулированию цен и тарифов.
Также можно заметить, что в схеме в равном подчинении находятся четыре агентства, одно министерство, две службы. Туда же отнесены три таких сектора, как социальный, реальный и экономический. Стрелки показывают, что все это находится в подчинении губернатора, и он принимает решения по каждому вопросу этих секторов, так как обратная связь отсутствует.
Также из схемы следует, что именно губернатор является компетентным во всех вопросах, поскольку даже управление советников принимает только входящие сигналы.
Однако подобная схема не исключает функций оперативного вмешательства Правительства как в сам механизм управления развитием экономики Калининградской области, так и в процесс реализации экономической политики. Об этом свидетельствуют постановления Правительства Калининградской области, регламентирующих порядок оформления, выдачи и отзыва годовых сертификатов происхождения товаров в приложении к распоряжению Администрации Особой экономической зоны в Калининградской области от мая 2006 года №11-р о порядке оформления, выдачи и отзыва Годовых сертификатов происхождения товаров, подвергнутых достаточной переработке в Особой экономической зоне в Калининградской области и т. д.
Механизм развития экономики состоит из механизмов текущей и инвестиционной поддержки. Текущая поддержка осуществляется в основном в рамках межбюджетных отношений, т.е. за счет перераспределения средств между бюджетами разных уровней и возвращения части средств нижестоящим бюджетам. Принято считать, что использование механизма межбюджетных отношений направлено в первую очередь на обеспечение социальных целей управления территориальным развитием, а на экономическое развитие регионов они оказывают косвенное воздействие. На экономическое развитие регионов гораздо в большей степени влияет прямая инвестиционная поддержка развития регионов, связанная с вложением бюджетных средств в объекты инфраструктуры и оказанием финансовой помощи предприятиям и населению отдельных территорий, но ее проведение требует гораздо больших финансовых ресурсов. В зависимости от особенностей региональных проблем в различных странах приоритет отдается тем или иным методам и инструментам государственного регулирования развития регионов. В странах Евросоюза в целом более эффективными признаны именно методы инвестиционной поддержки, тогда как в России в условиях ограниченности финансовых ресурсов основными инструментами пока еще выступают межбюджетные отношения.