С другой стороны руны использовались в оккультизме. Есть даже отдельное направление – руническая магия. По утверждению автора книги Кеннета Медоуза «Магия рун»:
«В оккультных обществах к рунам относились как к системе магии – средству манипулирования рунными силами для исполнения желаний и предсказания будущего. Таким образом, руны стали орудием Воли для обретения власти, а не для помощи Духу в понимании Вселенной и нас самих, улучшения нашей жизни через гармонию с естественными силами и продолжения нашего индивидуального эволюционного развития».
В магических целях руны начали использовать значительно раньше, чем для письменности. Так, в середине I века до н. э. Юлий Цезарь сообщил о германском обычае гадания на жеребьёвых палочках. Древнеримский историк подробнее рассказал о нём:
«Срубленную с плодового дерева ветку они нарезают плашками и, нанеся на них особые знаки, высыпают затем, как придется, на белоснежную ткань. После этого, если гадание производится в общественных целях, жрец племени, если частным образом, – глава семьи, вознеся молитвы богам и устремив взор в небо, трижды вынимает по одной плашке и толкует предрекаемое в соответствии с выскобленными на них заранее знаками».
Сами германцы предписывали рунам магические свойства, например, использования в качестве оберегов от различных опасностей, обмана, как целебных символов. Одним из наиболее ранних рунических памятников, где упоминаются магические значения рун, является рукопись «Computus Runicus» датского учёного и врача Оле Ворма, копия рукописи 1328 года. Сам ученый, который жил в конце XVI – начале XVII века прославился своими трудами в области эмбриологии, а так же придуманными терминами сталактит и сталагмит, которые до сих пор используются в спелеологии.
Также среди народов Северной Европы, Скандинавии и Исландии жили шаманы, которые использовали руны в своей эзотерической практике. Рунический шаманизм во многом сходен с духовным восприятием североамериканских индейцев и с таоистской мудростью Востока и является составной частью универсального шаманизма.
Согласно скандинавской мифологии руны открылись Одину26, когда он, пронзённый собственным копьём, девять дней и ночей провисел на Мировом древе27 без еды и питья. После чего, утолив жажду священным (шаманским) мёдом от его деда Бельторна, он услышал руны и начертал первые из них копьём на Древе собственной кровью. Так об этом событие повествует «Старшая Эдда» – сборник древнеисландских песен о богах и героях скандинавской мифологии и истории, который был записан в XIII веке.