Его сердце иногда не выдерживало нагрузок, тогда он недолго отлеживался и вновь пускался в дальние и ближние обители, творя везде добрые дела и молитву. С ним пытались соперничать за влияние на умы пропагандисты социал-демократии, они часто ходили по следам Агафангела, но всегда проигрывали заочное сражение, а в очное боялись вступать.
Несмотря на военное лихолетье, гражданские и военные власти тем не менее видели бессонный подвиг, свершаемый Агафангелом. К 1918 году митрополит был увенчан множеством наград. На одном из снимков мы видим Агафангела с братьями Иваном (он по правую руку от Агафангела) и Владимиром. Скоро дочь Владимира, Аля, оставшись сиротой, станет помогать дяде в совершении крестного пути. День этот близится. Уже большевики прорвались к власти. Сила государства надломилась, страна покатилась в пропасть.
Ему было шестьдесят пять лет, когда отчаявшиеся русские люди подняли в Ярославле мятеж против большевиков – добрая половина паствы митрополита Агафангела встала в ряды мятежников, лучше сказать, восставших (или сочувствующих им). Агафангел понимал, что в кровавой междоусобице брат пошел против брата, сердце его трепетало, однако это было сердце православного священника, и он благословил праведных, но не предал анафеме красных.
Итоги той битвы оказались опустошительными. Центр старинного Ярославля лежал в руинах, разбиты храмы и прекрасные, классической архитектуры, здания. Людские жертвы исчислялись тысячами. Из города начался исход несогласных с большевиками. Политические репрессии приобрели дежурный характер, шли расстрелы. Агафангела власти не трогали, у него был слишком большой авторитет. Но следом за мятежом и жесткими волевыми выводами Ленина и Ко начались гонения на саму Церковь, и это тоже понятно: внешние (или дальние) фронты, на которых действовали добровольческие армии, – они были полюсами открытого противостояния, а внутри метрополии единственной и несокрушимой силой, скреплявшей гонимых и несогласных в тихий хор, по-прежнему оставалась Церковь Православная. Большевики приступили к закрытию монастырей и изъятию церковных ценностей. Протестовавших пастырей арестовывали и высылали в Сибирь.
Патриарх Московский и Всея Руси Тихон удерживал, сколько хватало сил, церковный ковчег на плаву, но ЧК и компартия прибегли к расколу Церкви изнутри. Чекисты создали группу так называемых обновленцев. В пропагандистских целях эта группа провозгласила себя «Живой Церковью» и объявила о сотрудничестве с атеистическими властями. Тихон ответил призывом ко всем иерархам и пастырям противостоять ереси. Он назначил своими преемниками трех иерархов, в том числе старейшего митрополита Агафангела. Тихон думал о том, что будет, если завтра его арестуют, и Церковь окажется обезглавленной. ГПУ действительно взяла под арест Патриарха. «Живцы», – пишет журнал «Московская Патриархия» (№3, 1994 год), – во главе с протоиереями Красницкйм и Введенским захватывают жилище Патриарха и канцелярию церковного управления.